Metagenomic analysis of the human gut virome in obese and lean twins and their mothers
Trillones de microorganismos habitan el intestino humano contribuyendo al bienestar del hospedero. Alteraciones de estas poblaciones microbianas están relacionadas con enfermedades. Por ejemplo, un aumento de Firmicutes acompañado de una disminución de Bacteroidetes ha sido correlacionada con la obe...
- Autores:
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Avellaneda Franco, Laura
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2018
- Institución:
- Universidad de los Andes
- Repositorio:
- Séneca: repositorio Uniandes
- Idioma:
- eng
- OAI Identifier:
- oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/34572
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/1992/34572
- Palabra clave:
- Obesidad - Investigaciones
Sistema gastrointestinal - Investigaciones
Biología
- Rights
- openAccess
- License
- http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
| Summary: | Trillones de microorganismos habitan el intestino humano contribuyendo al bienestar del hospedero. Alteraciones de estas poblaciones microbianas están relacionadas con enfermedades. Por ejemplo, un aumento de Firmicutes acompañado de una disminución de Bacteroidetes ha sido correlacionada con la obesidad. Sin embargo, poco sabemos sobre la composición viral (viroma) en el intestino y su relación con obesidad. El objetivo de este estudio fue caracterizar el viroma intestinal y evaluar su posible asociación con la obesidad. Muestras fecales de 22 familias compuestas de dos gemelas y su madre fueron obtenidas a los 0, 1 y 12 meses después del inicio del estudio. Partículas virales fueron extraídas a partir de estas muestras; el material genético de estas fue secuenciado usando la tecnología de secuenciación 454 FLX. Las lecturas de baja calidad al igual que las que estaban asociadas con ADN bacteriano fueron eliminadas. Posteriormente, se ensamblaron las lecturas y se predijeron ORFs a partir de los contigs ensamblados. Se realizó una anotación taxonómica y funcional y se construyeron tablas de abundancia de los contigs y los ORFs por muestra. Con estas tablas fue posible calcular los índices de diversidad, buscar marcas que diferencien subgrupos de la población (por ejemplo, entre familias) y encontrar virus que estén presentes en al menos el 50% de los individuos. Entre los resultados más significativos encontramos que: i) el viroma intestinal se encuentra predominado por fagos, ii) el 80% del los virus intestinales son desconocidos, (iii) existe una marca individual y familiar en el viroma intestinal, iv)... |
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