Contribución al protocolo de secuenciación del genoma de SARS-CoV-2 utilizando la tecnología genómica UIS
Entre los mecanismos de control y prevención de la pandemia ocasionada por la enfermedad infecciosa denominada COVID-19, causada por el Betacoronavirus SARS- CoV-2, se encuentran el estudio del origen del virus, el diagnóstico y el tratamiento de la enfermedad. Todos estos estudios se basan principa...
- Autores:
-
Torres Jiménez, Carolina Sofía
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2021
- Institución:
- Universidad Industrial de Santander
- Repositorio:
- Repositorio UIS
- Idioma:
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- OAI Identifier:
- oai:noesis.uis.edu.co:20.500.14071/10945
- Palabra clave:
- Secuenciación genómica
SARS-CoV-2
Genómica UIS
COVID-19
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Entre los mecanismos de control y prevención de la pandemia ocasionada por la enfermedad infecciosa denominada COVID-19, causada por el Betacoronavirus SARS- CoV-2, se encuentran el estudio del origen del virus, el diagnóstico y el tratamiento de la enfermedad. Todos estos estudios se basan principalmente en el análisis del genoma viral, por lo que a nivel mundial se incentivó el desarrollo de tecnologías capaces de secuenciar el genoma completo de SARS-CoV-2, con el fin de mejorar los sistemas de diagnóstico y entender la naturaleza del virus. Por este motivo, en este trabajo se analizaron las características nucleotídicas de SARS-CoV-2, a partir de consensos mensuales generados de las secuencias del virus reportadas en la plataforma GISAID entre enero y octubre del año 2020. En función de estas, se diseñaron cebadores fundamentados en los criterios de la tecnología genómica UIS, que contribuyeron eficazmente en las reacciones de síntesis de ADNc. Además, se propone un protocolo con las concentraciones y condiciones de reacción para la síntesis de ADNc y un protocolo de secuenciación para el genoma completo de SARS-CoV-2, ambos con la inclusión de las mezclas COL-UIS y COL-UIS-dNTPs. Estas, junto con los cebadores diseñados, potenciaron la obtención del ADNc del virus SARS-CoV-2 demostrando su capacidad de aplicación en genomas virales ricos en AT. Finalmente, se concluye que la secuenciación del genoma completo del virus SARS- CoV-2 es posible al aplicar los principios de la tecnología genómica UIS, por lo tanto, al incluirla para el diseño de los cebadores, la síntesis de ADNc y en el protocolo de secuenciación propuesto, se favorece el proceso de secuenciación de genomas ricos en AT con la tecnología Ion Torrent. |
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Todos estos estudios se basan principalmente en el análisis del genoma viral, por lo que a nivel mundial se incentivó el desarrollo de tecnologías capaces de secuenciar el genoma completo de SARS-CoV-2, con el fin de mejorar los sistemas de diagnóstico y entender la naturaleza del virus. Por este motivo, en este trabajo se analizaron las características nucleotídicas de SARS-CoV-2, a partir de consensos mensuales generados de las secuencias del virus reportadas en la plataforma GISAID entre enero y octubre del año 2020. En función de estas, se diseñaron cebadores fundamentados en los criterios de la tecnología genómica UIS, que contribuyeron eficazmente en las reacciones de síntesis de ADNc. Además, se propone un protocolo con las concentraciones y condiciones de reacción para la síntesis de ADNc y un protocolo de secuenciación para el genoma completo de SARS-CoV-2, ambos con la inclusión de las mezclas COL-UIS y COL-UIS-dNTPs. Estas, junto con los cebadores diseñados, potenciaron la obtención del ADNc del virus SARS-CoV-2 demostrando su capacidad de aplicación en genomas virales ricos en AT. Finalmente, se concluye que la secuenciación del genoma completo del virus SARS- CoV-2 es posible al aplicar los principios de la tecnología genómica UIS, por lo tanto, al incluirla para el diseño de los cebadores, la síntesis de ADNc y en el protocolo de secuenciación propuesto, se favorece el proceso de secuenciación de genomas ricos en AT con la tecnología Ion Torrent.PregradoBiólogoAmong the control and prevention mechanisms of the pandemic caused by the infectious disease termed COVID-19, caused by Betacoronavirus SARS-CoV-2, are the study of the origin of the virus, the diagnosis and treatment of the disease. All these studies are mainly based on the analysis of the viral genome, for this reason the development of technologies capable of sequencing the complete SARS-CoV-2 genome was encouraged worldwide, in order to improve diagnostic systems and understand the nature of the virus. For this reason, in this work the nucleotide characteristics of SARS-CoV-2 were analyzed, based on monthly consensus generated from the virus sequences reported on the GISAID platform between January and October 2020. Based on these, primers were designed according to UIS genomic technology, which effectively contributed to cDNA synthesis reactions. In addition, a protocol is proposed with the concentrations and reaction conditions for the synthesis of cDNA and a sequencing protocol for the complete SARS-CoV-2 genome, both with the inclusion of the COL-UIS and COL-UIS- dNTPs mixtures. These, along with the designed primers, enhanced the obtaining of the SARS- CoV-2 virus cDNA, demonstrating its applicability in AT-rich viral genomes. Finally, it is concluded that the sequencing of the complete genome of the SARS-CoV-2 virus is possible by applying the principles of UIS genomic technology, therefore, by including it for the design of the primers, the synthesis of cDNA and in the proposed sequencing protocol, the process of sequencing AT-rich genomes with Ion Torrent technology is favored.application/pdfspaUniversidad Industrial de SantanderFacultad de CienciasBiologíaEscuela de BiologíaSecuenciación genómicaSARS-CoV-2Genómica UISCOVID-19ADNcGenomic SequencingSARS-CoV-2UIS genomicsCOVID-19cDNAContribución al protocolo de secuenciación del genoma de SARS-CoV-2 utilizando la tecnología genómica UISContribution to the SARS-CoV-2 genome sequencing protocol using UIS genomic technologyTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregradohttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bccehttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fORIGINAL180999_licence.pdfapplication/pdf70268https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/790d2d9f-2d42-40f8-8123-548c01e04253/download53d0ac515fc09fc54b31f5024c4b89c9MD51180999_nota.pdfapplication/pdf166709https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/9cf13766-98a4-4e48-84df-d4c5ab6b7296/download6302fe9ee20ca94507f92b3a3a3d0f59MD52180999_trabajo.pdfapplication/pdf596898https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/476e7939-4ff2-4e9f-8302-1fd3669784f4/download4eb16d898eb2c5c10a9d41688d7ed585MD53TEXT180999_licence.pdf.txt180999_licence.pdf.txtExtracted texttext/plain3015https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/9dfa24ba-a031-40f2-873c-1b7a08cb1dd2/downloadf23fbfe4b48ac6bb763ffdd83b032896MD54180999_nota.pdf.txt180999_nota.pdf.txtExtracted texttext/plain709https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/e150d914-6cb6-45ee-961a-07d173099189/download60ecf0dc7712c05e097acd681974c04eMD56180999_trabajo.pdf.txt180999_trabajo.pdf.txtExtracted texttext/plain83625https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/da74cefa-8547-4841-a4ec-d01b0eef121e/download57be9035359a9bdbeec7b227049b5434MD58THUMBNAIL180999_licence.pdf.jpg180999_licence.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg5890https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/bdd3fac5-0578-42bd-a63b-433813dc226b/download4a914ed27e33a489d31dd8c8c0acfa12MD55180999_nota.pdf.jpg180999_nota.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg4130https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/84fecbd6-165b-440c-bcf8-d3e6becf076d/download56e75060dde5680cc5dfdff15501c206MD57180999_trabajo.pdf.jpg180999_trabajo.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg3040https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/91e46960-294a-4ee8-8cdf-205af810f2e3/downloadf49960248fa46514e79cf57d56f3e6c3MD5920.500.14071/10945oai:noesis.uis.edu.co:20.500.14071/109452022-10-05 20:40:44.306http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessrestrictedhttps://noesis.uis.edu.coDSpace at UISnoesis@uis.edu.co |