Diseño computacional (in silico) de un péptido que neutraliza la proteína GP120 del VIH-1
El virus de inmunodeficiencia humana (VIH) es una problemática de salud pública desde hace muchos años, de acuerdo a los datos del 2021 por la OMS, 34,8 millones de personas viven con VIH, además alrededor de 40,1 millones de personas han muerto a causa del virus, ya que al debilitar el sistema inmu...
- Autores:
-
Forero Forero, Paola Andrea
Ruiz Tique, Nicoll Fernanda
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2023
- Institución:
- Universidad Distrital Francisco José de Caldas
- Repositorio:
- RIUD: repositorio U. Distrital
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repository.udistrital.edu.co:11349/39607
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/11349/39607
- Palabra clave:
- VIH-1
GP120
Autodock
Péptidos
CD4
Energía de afinidad
Licenciatura en Química -- Tesis y disertaciones académicas
Diseño de fármacos asistido por computadora
VIH-1
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Affinity energy
- Rights
- License
- Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internacional
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El virus de inmunodeficiencia humana (VIH) es una problemática de salud pública desde hace muchos años, de acuerdo a los datos del 2021 por la OMS, 34,8 millones de personas viven con VIH, además alrededor de 40,1 millones de personas han muerto a causa del virus, ya que al debilitar el sistema inmunitario da entrada a enfermedades o infecciones oportunistas, es por esto, que es importante diseñar nuevos fármacos que inhiban la entrada del VIH o disminuyan su nivel en sangre, sin embargo, el virus muta rápidamente y la disponibilidad de antirretrovirales no es la mejor. Esta investigación tiene como objetivo diseñar péptidos in silico, que logren inhibir la interacción de la Gp120 (glicoproteína que envuelve el virus) y CD4 (linfocitos T), dada la cavidad “Phe43” que hay entre esta. Se realizó una revisión bibliográfica sobre la secuencia de aminoácidos del sitio de unión y los fármacos que se encuentran en fase final de estudio o en el mercado, se usaron como software para el diseño: Chemdraw para dibujar las estructuras, Avogadro para optimización, Autodock vina para determinar la energía de afinidad entre la proteína y el ligando y las interacciones, PreADMET para las propiedades farmacocinéticas y farmacodinámicas. Se obtuvieron 6 candidatos a péptidos prometedores con energía de afinidad igual o mayor a -9.2 Kcal/mol para neutralizar la Gp120 del VIH. |
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Esta investigación tiene como objetivo diseñar péptidos in silico, que logren inhibir la interacción de la Gp120 (glicoproteína que envuelve el virus) y CD4 (linfocitos T), dada la cavidad “Phe43” que hay entre esta. Se realizó una revisión bibliográfica sobre la secuencia de aminoácidos del sitio de unión y los fármacos que se encuentran en fase final de estudio o en el mercado, se usaron como software para el diseño: Chemdraw para dibujar las estructuras, Avogadro para optimización, Autodock vina para determinar la energía de afinidad entre la proteína y el ligando y las interacciones, PreADMET para las propiedades farmacocinéticas y farmacodinámicas. Se obtuvieron 6 candidatos a péptidos prometedores con energía de afinidad igual o mayor a -9.2 Kcal/mol para neutralizar la Gp120 del VIH.The human immunodeficiency virus (HIV) is a public health problem for many years, according to data from 2021 by WHO, 34.8 million people live with HIV, also about 40.1 million people have died from the virus, since weakening the immune system gives entry to opportunistic infections or diseases, which is why it is important to design new drugs that inhibit the entry of HIV or decrease its level in blood, however, the virus mutates rapidly and the availability of antiretrovirals is not the best. This research aims to design in silico peptides that can inhibit the interaction of Gp120 (glycoprotein that envelopes the virus) and CD4 (T lymphocytes), given the "Phe43" cavity between them. A literature review was carried out on the amino acid sequence of the binding site and the drugs that are in the final phase of study or on the market, the following software was used for the design: Chemdraw to draw the structures, Avogadro for optimization, Autodock vina to determine the affinity energy between the protein and the ligand and the interactions, PreADMET for the pharmacokinetic and pharmacodynamic properties. Six promising peptide candidates with affinity energy equal to or greater than -9.2 Kcal/mol were obtained to neutralize HIV Gp120.pdfspaAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/Abierto (Texto Completo)http://purl.org/coar/access_right/c_abf2VIH-1GP120AutodockPéptidosCD4Energía de afinidadLicenciatura en Química -- Tesis y disertaciones académicasDiseño de fármacos asistido por computadoraVIH-1PéptidosHIV-1GP120AutodockPeptidesCD4Affinity energyDiseño computacional (in silico) de un péptido que neutraliza la proteína GP120 del VIH-1Computational design (in silico) of a peptide that neutralizes the HIV-1 GP120 proteinbachelorThesisMonografíainfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; 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