Polimorfismos de un solo nucleótido representativos para los alelos clásicos del antígeno leucocitario humano en familias antioqueñas con diabetes mellitus tipo 1

RESUMEN: Introducción. La región del antígeno leucocitario humano (Human Leukocyte Antigen, HLA) se ha asociado claramente con enfermedades autoinmunitarias, como la diabetes mellitus de tipo 1. Los polimorfismos representativos de un solo nucleótido (tag Single Nucleotide Polymorphism, tag SNP) constituyen una forma alternativa de evaluar los alelos clásicos del HLA. En la población europea se ha reportado un grupo de tag SNP para múltiples alelos clásicos relacionados con la predisposición o la resistencia frente a dicha enfermedad. Objetivo. Validar la metodología basada en los tag SNP enfocada en la inferencia de alelos HLA clásicos, y evaluar su asociación con la diabetes mellitus de tipo 1 en una muestra de familias antioqueñas. Materiales y métodos. Se estudió una muestra de 200 familias antioqueñas con uno a dos hijos afectados por diabetes mellitus de tipo 1. Se genotipificaron 13 SNP mediante el ARMS-PCR (Amplification Refractory Mutation System-Polymerase Chain Reaction) con cuatro iniciadores, o mediante la PCR-RFLP (PCR-Restriction Fragment Length Polymorphism). Además, se evaluó la validez de los tag SNP de 1.000 genomas reportados en europeos en una muestra de 60 individuos de la población colombiana de Medellín. Se hicieron las pruebas de desequilibrio de la transmisión, de desequilibrio de ligamiento y de equilibrio de Hardy-Weinberg. Resultados. En la población de estudio no se encontró suficiente desequilibrio de ligamiento entre los SNP y los alelos clásicos evaluados, por lo cual no fue posible inferir los alelos clásicos del HLA para el conjunto de familias con diabetes mellitus de tipo 1. El estudio de asociación evidenció que esta región aporta factores tanto de riesgo como de protección para el desarrollo de la enfermedad. Los tag SNP apropiados para la muestra de estudio se determinaron usando los SNP ubicados en la región HLA en la base de datos del 1000 Genomes Project en la mencionada población. Conclusiones. Los patrones de desequilibrio de ligamiento en la población estudiada fueron diferentes a los reportados para la población europea. A pesar de esto, se encontró evidencia clara sobre el papel de la región HLA en el riesgo de padecer diabetes mellitus de tipo 1 en la población de estudio.

• Autores: Sarrazola Yepes, Diana Clobeth; Rodríguez Rodríguez, Alejandra Marcela; Toro Ramos, Martín; Vélez, Alejandra; García Ramírez, Jorge; Lopera Canaveral, María Victoria; Álvarez Botero, Cristian Mauricio; González, Vital Balthazar; Alfaro Velásquez, Juan Manuel; Pineda Trujillo, Nicolás Guillermo
• Tipo de recurso: Article of investigation
• Fecha de publicación: 2018
• Institución: Universidad de Antioquia
• Repositorio: Repositorio UdeA
• Idioma: spa
• OAI Identifier: oai:bibliotecadigital.udea.edu.co:10495/38678
• Acceso en línea: https://hdl.handle.net/10495/38678
• Palabra clave: Diabetes Mellitus Tipo 1; Diabetes Mellitus, Type 1; Complejo Mayor de Histocompatibilidad; Major Histocompatibility Complex; Desequilibrio de Ligamiento; Linkage Disequilibrium; Enfermedades Autoinmunes; Autoimmune Diseases; Antígeno CTLA-4; CTLA-4 Antigen; Colombia - epidemiología; Colombia - epidemiology; Epistasis Genética; Epistasis, Genetic; Genes MHC Clase I; Genes, MHC Class I; Genes MHC Clase II; Genes, MHC Class II; Predisposición Genética a la Enfermedad; Genetic Predisposition to Disease; Polimorfismo de Nucleótido Simple; Polymorphism, Single Nucleotide; Proteína Tirosina Fosfatasa no Receptora Tipo 22; Protein Tyrosine Phosphatase, Non-Receptor Type 22; https://id.nlm.nih.gov/mesh/D003922; https://id.nlm.nih.gov/mesh/D008285; https://id.nlm.nih.gov/mesh/D015810; https://id.nlm.nih.gov/mesh/D001327; https://id.nlm.nih.gov/mesh/D060908; https://id.nlm.nih.gov/mesh/D003105; https://id.nlm.nih.gov/mesh/D004843; https://id.nlm.nih.gov/mesh/D005805; https://id.nlm.nih.gov/mesh/D005802; https://id.nlm.nih.gov/mesh/D020022; https://id.nlm.nih.gov/mesh/D020641; https://id.nlm.nih.gov/mesh/D054596
• Rights: openAccess
• License: https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/