Determinación de agentes virales en pacientes que presentan síndrome febril agudo con sospecha por dengue en la frontera nororiental colombo-venezolana

RESUMEN: El síndrome febril agudo indiferenciado (SFAI) continúa siendo un importante problema de salud pública principalmente en países tropicales y subtropicales. Además, existen un amplio número de agentes etiológicos implicados en ocasionarlo, entre los que se encuentran los virus. En los últimos años, han tenido un gran impacto social, económico y en salud pública. El objetivo de este trabajo de investigación fue determinar la circulación de agentes virales en pacientes con SFAI con sospecha por dengue en la frontera nororiental colombo-venezolana en dos cohortes de estudio (2015-2016 y 2018-2020). Para ello, se recolectaron en Cúcuta y Villa del Rosario, Norte de Santander durante el 2018- 2020 sueros de pacientes que presentaban fiebre menor de 7 días y que cumplían con criterios clínicos y epidemiológicos de caso sospechoso por DENV (Cohorte II). Adicionalmente, por un estudio previo realizado por nuestro grupo de investigación, se tenían almacenadas 157 muestras de sueros de pacientes con sospecha por dengue recolectados en los años 2015-2016 en Villa del Rosario (Cohorte I). A los sueros recolectadas de la Cohorte II se les extrajo ARN, se hizo detección molecular para los géneros Flavivirus y Alphavirus. Posteriormente, se hizo detección molecular para las especies de arbovirus circulantes en la región (DENV, CHIKV y ZIKV). Luego, se realizó una amplificación del gen de envoltura completo para los serotipos DENV-1, DENV-2 y DENV-3, obteniendo algunas secuencias parciales del gen de envoltura de DENV-1 y DENV-2. Los amplicones conseguidos se secuenciaron por el método de Sanger y con estas secuencias se realizó un análisis filogenético y filogeográfico. Se construyeron árboles filogenéticos usando el Software MEGA 7.0 y los análisis filogeográficos utilizando el paquete BEAUti/BEAST v1.8.4. Finalmente, con el fin de caracterizar el viroma a las muestras negativas de las cohortes I y II (no DENV, CHIKV y/o ZIKV), se les efectuó pre-tratamientos y se secuenciaron mediante Oxford nanopore technologies (ONT) e Illumina. A continuación, a las lecturas obtenidas se les determinó la calidad, se limpiaron y se les realizó asignación taxonómica mediante CentrifugeV1.0.4 y se analizaron con el sistema Genome Detective. Se analizaron 194 muestras de pacientes pertenecientes de la cohorte II, encontrando una frecuencia 42 % de los arbovirus DENV, CHIKV y/o ZIKV, también co-infecciones en el 12 %. Los análisis filogenéticos y filogeográficos de DENV-1 y DENV-2, se hallaron múltiples introducciones de DENV entre Colombia y Venezuela; además que las secuencias de DENV-1 se encontraron dentro del genotipo V, mientras las secuencias de DENV-2 pertenecían al genotipo asiático/americano. Respecto a la caracterización el viroma en los ARN de las muestras de suero negativas para DENV, CHIKV y ZIKV, la familia viral de mayor abundancia fue la Salasmaviridae, seguido Flaviviridae, Poxviridae, Alloherpesviridae, Partitiviridae, Calciviridae y Herpesviridae. Los géneros virales más abundantes fueron Claudivirus, seguido Hepacivirus, Vesivirus, Betapartivirus y Citomegalovirus. Se logró ensamblar e identificar influenza A virus, vaccinia virus, hepatovirus A y coronavirus. Con este trabajo de investigación se observa que a pesar de la disponibilidad de algoritmos de diagnóstico clínica y laboratorio, se necesitan paneles de diagnóstico más amplios que incluyan otros virus con el fin de mejorar la precisión diagnóstica de los pacientes con SFAI.

• Autores: Carrillo Hernández, Marlen Yelitza
• Tipo de recurso: Doctoral thesis
• Fecha de publicación: 2024
• Institución: Universidad de Antioquia
• Repositorio: Repositorio UdeA
• Idioma: spa
• OAI Identifier: oai:bibliotecadigital.udea.edu.co:10495/43683
• Acceso en línea: https://hdl.handle.net/10495/43683
• Palabra clave: Fiebre; Fever; Virus del dengue; Dengue virus; Arbovirus; Arboviruses; Secuenciación de nucleótidos de alto rendimiento; High-throughput nucleotide sequencing; Coinfección; Coinfection; Metagenómica; Metagenomics; Filogenia; Phylogeny; Síndrome febril agudo; https://id.nlm.nih.gov/mesh/D005334; https://id.nlm.nih.gov/mesh/D003716; https://id.nlm.nih.gov/mesh/D001103; https://id.nlm.nih.gov/mesh/D059014; https://id.nlm.nih.gov/mesh/D060085; https://id.nlm.nih.gov/mesh/D056186; https://id.nlm.nih.gov/mesh/D010802
• Rights: openAccess
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