InInteracciones in Vitro e in Silico del Péptido Antimicrobiano Ib-M6 con Ácidos Nucleicos de Escherichia coli
Digital
- Autores:
-
León-Vera, Ivan Eduardo
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2024
- Institución:
- Universidad de Santander
- Repositorio:
- Repositorio Universidad de Santander
- Idioma:
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- Palabra clave:
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Farfán-García, Ana Elvira5b6c1cb3-a1a9-47b8-9d39-3c0a66b62e1a-1León-Vera, Ivan Eduardocdded57a-7748-441d-9c3d-0e539321759b-1Arias-Guerrero, Mónica Yurley8da5f21e-664a-429a-8b01-b8b03a73fb25600Rodriguez-Avila, Yudy Amparoefd63d8c-7bc3-42dd-a944-dd00bfe0f668-12025-02-19T16:59:38Z2026-06-232025-02-19T16:59:38Z2024-11-18DigitalRecientemente, se describió que el péptido Ib-M6 presenta actividad promisoria contra cepas de Escherichia coli y no presenta citotoxicidad en líneas celulares de mamíferos, por lo que puede ser una alternativa para la eliminación de estas bacterias. El objetivo de este estudio fue evaluar la capacidad de unión del péptido Ib-M6 a los ácidos nucleicos de E. coli mediante ensayos de cambio de la movilidad electroforética (EMSA). Para esto se mezclaron en buffer de unión (Tris-HCl 10 mM, EDTA 1 mM, pH 8.0) diluciones del péptido Ib-M6 (50µM hasta 1,56 µM) con 400 ng de ADN y 413,9 ng de ARN de E. coli ATCC 25922. Las mezclas se incubaron a 37° C por 30, 60 y 90 minutos. Se utilizó la buforina II como control positivo de interacción con los ácidos nucleicos bacterianos. La reacción se visualizó en electroforesis de geles de agarosa al 1% bajo luz U.V. Para el estudio in silico, se seleccionó el mejor modelo del péptido Ib-M6 en Pepfold 3.5, de acuerdo con los criterios de Swiss Model y con este se realizó acoplamiento molecular con estructuras moleculares de ADN y ARN bacterianos. Los ensayos EMSA mostraron una reducción en la movilidad electroforética del ADN y ARN, cuando se trataron con 50µM y 25µM de Ib-M6, respectivamente, siendo parcial a los 30 y total a los 90 minutos. La movilidad del ADN y ARN tratado con Ib-M6 en la MIC (12,5 µM) y sub-MIC, fue completa a los 30 y 60 minutos, sin embargo, a los 90 minutos una fracción del ADN no migró. En conclusión, se evidenció la capacidad de unión del péptido Ib-M6 a los ácidos nucleicos bacterianos tanto in vitro como in silico, lo que contribuye a la comprensión de los mecanismos de acción de este péptido en E. coli ATCC 25922.Recently, the Ib-M6 peptide was shown to have promising activity against Escherichia coli strains and no cytotoxicity in mammalian cell lines; therefore, it may be an alternative for the elimination of these bacteria. The aim of this study was to evaluate the binding capacity of the Ib-M6 peptide to E. coli nucleic acids using electrophoretic mobility shift assay (EMSA). For this purpose, dilutions of the Ib-M6 peptide (50 µM to 1.56 µM) were mixed in binding buffer (10 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 8.0) with 400 ng of DNA and 413.9 ng of RNA of E. coli ATCC 25922. The mixtures were then incubated at 37 °C for 30, 60, and 90 min. Buforin II was used as a positive control for interaction with bacterial nucleic acids. The reaction was visualized using 1% agarose gel electrophoresis under UV light. For the in silico study, the best model of the Ib-M6 peptide was selected using Pepfold 3.5, according to the Swiss Model criteria, and molecular docking was performed with bacterial DNA and RNA molecular structures. EMSA assays showed a reduction in the electrophoretic mobility of DNA and RNA when treated with 50 µM and 25 µM Ib-M6, respectively, being partial at 30 min and total at 90 min. The mobility of DNA and RNA treated with Ib-M6 at the MIC (12.5 µM) and sub-MIC was complete at 30 and 60 min; however, at 90 min, a fraction of the DNA did not migrate. In conclusion, the binding capacity of the Ib-M6 peptide to bacterial nucleic acids was demonstrated both in vitro and in silico, which contributes to our understanding of the mechanisms of action of this peptide in E. coli ATCC 25922.PregradoBacteriólogo(a) y Laboratorista ClínicoUniversidad de SantanderObjetivo General 28 Objetivos Específicos 28 Estado Actual 29 Marco Conceptual 31 Biología de E. coli 31 Clasificación de E. coli 32 Mecanismos de Resistencia de E. coli 33 Péptidos Antimicrobianos 34 Tipo de Estudio 38 Área de Estudio 38 Universo 38 Población 38 Material Biológico 38 Péptido a Evaluar 38 Variables e Hipótesis 39 Procedimientos 40 Péptido Ib-M6: 40 Cultivo de E. coli ATCC 25922 40 Extracción de DNA E. coli ATCC 25922 40 Extracción de ARN E. coli ATCC 25922 41 Análisis de Docking Molecular 42 Aspectos Éticos 43 Ensayos de Cambio en la Movilidad Electroforética del ADN (EMSA) 44 Ensayos de Cambio en la Movilidad Electroforética del ARN (EMSA) 47 Docking Molecular 49 Selección de Modelo 49 Discusión 57 Conclusiones 61 Recomendaciones 62 Referencias Bibliográficas 6370 papplication/pdfapplication/mswordUniversidad de SantanderT 17.24 L266iRepositorio Digital Institucional Universidad de Santanderhttps://repositorio.udes.edu.cohttps://repositorio.udes.edu.co/handle/001/11438spaUniversidad de SantanderBucaramangaFacultad de Ciencias Médicas y de la SaludBucaramanga, ColombiaBacteriología y Laboratorio ClínicoTen threats to global health in 2019 [Internet]. 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Al consultar y hacer uso de este recurso, está aceptando las condiciones de uso establecidas por los autores.info:eu-repo/semantics/embargoedAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_f1cfAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/Escherichia colipéptidos antimicrobianosácidos nucleicosacoplamiento molecularEscherichia coliAntimicrobial PeptidesNucleic AcidsMolecular DockingInInteracciones in Vitro e in Silico del Péptido Antimicrobiano Ib-M6 con Ácidos Nucleicos de Escherichia coliIn Vitro and in Silico Interactions of the Antimicrobial Peptide Ib-M6 with Escherichia coli Nucleic AcidsTrabajo de grado - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fhttp://purl.org/coar/version/c_71e4c1898caa6e32Textinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttp://purl.org/redcol/resource_type/TPinfo:eu-repo/semantics/submittedVersionTodas las AudienciasPublicationLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-815543https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/c021151c-44f9-4a6a-89fe-978e958bca31/download73a5432e0b76442b22b026844140d683MD51ORIGINALCertificado_de_Similitud_de_Texto.pdfCertificado_de_Similitud_de_Texto.pdfapplication/pdf2383503https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/6f0b091b-b893-4eec-b404-e24daabe245b/download30a6ef9e4df2f040f531ca45785a225dMD55Interacciones_in_Vitro_e_in_Silico_del_Péptido_Antimicrobiano_Ib_M6_con_Ácidos_Nucleicos_de_Escherichia_coli.pdfInteracciones_in_Vitro_e_in_Silico_del_Péptido_Antimicrobiano_Ib_M6_con_Ácidos_Nucleicos_de_Escherichia_coli.pdfapplication/pdf2219224https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/98ba3f1e-060a-4345-b5ba-29e155057c9a/downloade4c9a32894171f6a6618bce7eaface42MD56Interacciones_in_Vitro_e_in_Silico_del_Péptido_Antimicrobiano_Ib_M6_con_Ácidos_Nucleicos_de_Escherichia_coli.docxInteracciones_in_Vitro_e_in_Silico_del_Péptido_Antimicrobiano_Ib_M6_con_Ácidos_Nucleicos_de_Escherichia_coli.docxapplication/vnd.openxmlformats-officedocument.wordprocessingml.document8099966https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/807d66bb-d06f-4079-bd07-d25de6b2ba92/download49bcdb933e992e6afc82430ad166d6beMD57Label.jpgLabel.jpgimage/jpeg392910https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/2eea6207-d30b-4a43-97d4-0aa04d8707fb/download1e7a4c7585704ace06d2284dbb3ef51dMD58TEXTCertificado_de_Similitud_de_Texto.pdf.txtCertificado_de_Similitud_de_Texto.pdf.txtExtracted texttext/plain101680https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/0ed053df-5fb9-49d9-977c-ef76438be400/download10e136056b596430a9f57c6a3d4e4df3MD59Interacciones_in_Vitro_e_in_Silico_del_Péptido_Antimicrobiano_Ib_M6_con_Ácidos_Nucleicos_de_Escherichia_coli.pdf.txtInteracciones_in_Vitro_e_in_Silico_del_Péptido_Antimicrobiano_Ib_M6_con_Ácidos_Nucleicos_de_Escherichia_coli.pdf.txtExtracted texttext/plain91506https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/a5379835-18ba-4702-b56e-b5e6e9c6ad6c/download4b6a22eda676f709d273876742853475MD511Interacciones_in_Vitro_e_in_Silico_del_Péptido_Antimicrobiano_Ib_M6_con_Ácidos_Nucleicos_de_Escherichia_coli.docx.txtInteracciones_in_Vitro_e_in_Silico_del_Péptido_Antimicrobiano_Ib_M6_con_Ácidos_Nucleicos_de_Escherichia_coli.docx.txtExtracted texttext/plain80369https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/5abbac15-2c5e-4ab1-b48a-21b2ce672dd5/download0c0f09ac075b354c2ff2b18bac781af2MD513THUMBNAILCertificado_de_Similitud_de_Texto.pdf.jpgCertificado_de_Similitud_de_Texto.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg7193https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/e57d1a36-299a-4da2-805f-e8074bb4a049/downloadac52809c88c35272c1b7aa158fe85758MD510Interacciones_in_Vitro_e_in_Silico_del_Péptido_Antimicrobiano_Ib_M6_con_Ácidos_Nucleicos_de_Escherichia_coli.pdf.jpgInteracciones_in_Vitro_e_in_Silico_del_Péptido_Antimicrobiano_Ib_M6_con_Ácidos_Nucleicos_de_Escherichia_coli.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg7802https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/63ecd3c9-120a-4d52-a0f7-a748adac6599/download462741522f7260e92d20bd9e932fcae9MD512Label.jpg.jpgLabel.jpg.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg11821https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/d1c1054d-9b71-4400-b82d-4617ddbddf7f/downloadca9740fa2089c0c6b7f7b530e28994e5MD514001/11438oai:repositorio.udes.edu.co:001/114382025-06-24 16:25:56.059https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/Derechos Reservados - Universidad de Santander, 2024. Al consultar y hacer uso de este recurso, está aceptando las condiciones de uso establecidas por los autores.https://repositorio.udes.edu.coRepositorio Universidad de 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