Optimization of a DNA extraction method using Subepidermis from Austrocylindropuntia and Opuntia-Opuntioideae

The taxonomic identification of species through analysis of the variation of orthologous DNA sequences, complement the information obtained with morphological characters. Cytogenetic studies indicate that polyploid taxa occur in the subfamily Opuntioideae, Opuntia ficus-indica, contributing to morph...

Full description

Autores:
Tipo de recurso:
http://purl.org/coar/resource_type/c_6765
Fecha de publicación:
2022
Institución:
Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia
Repositorio:
RiUPTC: Repositorio Institucional UPTC
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repositorio.uptc.edu.co:001/10400
Acceso en línea:
https://revistas.uptc.edu.co/index.php/investigacion_duitama/article/view/15273
https://repositorio.uptc.edu.co/handle/001/10400
Palabra clave:
biotechnology;
cactaceae;
polysaccharides;
Sanger sequencing
biotecnología;
cactaceae;
mucílago;
secuenciación Sanger
Rights
License
Derechos de autor 2022 Revista de Investigación, Desarrollo e Innovación
id REPOUPTC2_6ca8e4bf2dc0cf6b1dfb01ed9b63ba18
oai_identifier_str oai:repositorio.uptc.edu.co:001/10400
network_acronym_str REPOUPTC2
network_name_str RiUPTC: Repositorio Institucional UPTC
repository_id_str
spelling 2022-08-152024-07-05T18:04:14Z2024-07-05T18:04:14Zhttps://revistas.uptc.edu.co/index.php/investigacion_duitama/article/view/1527310.19053/20278306.v12.n2.2022.15273https://repositorio.uptc.edu.co/handle/001/10400The taxonomic identification of species through analysis of the variation of orthologous DNA sequences, complement the information obtained with morphological characters. Cytogenetic studies indicate that polyploid taxa occur in the subfamily Opuntioideae, Opuntia ficus-indica, contributing to morphological variability in the individuals of a population, and influencing the correct identification of species. However, the lengths of the sequences in Opuntioideae are affected by the extraction of pure DNA. Different extraction methods were evaluated and modified, and a procedure was established to obtain good quality DNA, free of inhibitors for gene amplification by polymerase chain reaction. The ratio A260/A280 and A260/A230 ranged from 1.6 to 2.1, revealing absence of contamination with the modified protocol for DNA extraction from cotton leaves. This method is inexpensive compared to those of commercial manufacturers and, therefore, can be applied in studies with limited resources.La identificación taxonómica de especies mediante análisis de variación de secuencias de ADN ortólogas, complementan la información obtenida con caracteres morfológicos. Estudios citogenéticos muestran taxones poliploides en la subfamilia Opuntioideae, Opuntia ficus-indica, contribuyendo a la variabilidad morfológica en los individuos de una población, e influyendo en la correcta identificación de las especies. Sin embargo, las longitudes de las secuencias en Opuntioideae están afectadas por la extracción de ADN puro. Se evaluaron y modificaron diferentes métodos de extracción y se estableció un procedimiento para obtener ADN de buena calidad, libre de inhibidores para amplificación de genes por reacción en cadena de la polimerasa. Las relaciones A260/A280 y A260/A230 variaron entre 1.6 a 2.1, revelando ausencia de contaminación con el protocolo modificado para la extracción de ADN a partir de hojas de algodón. Este método es de bajo costo comparado con los de casas comerciales y, por lo tanto, se puede aplicar en estudios con recursos limitados.application/pdftext/xmlspaspaUniversidad Pedagógica y Tecnológica de Colombiahttps://revistas.uptc.edu.co/index.php/investigacion_duitama/article/view/15273/12485https://revistas.uptc.edu.co/index.php/investigacion_duitama/article/view/15273/13217Derechos de autor 2022 Revista de Investigación, Desarrollo e Innovaciónhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf266http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Revista de Investigación, Desarrollo e Innovación; Vol. 12 No. 2 (2022): Julio-Diciembre; 305-314Revista de Investigación, Desarrollo e Innovación; Vol. 12 Núm. 2 (2022): Julio-Diciembre; 305-3142389-94172027-8306biotechnology;cactaceae;polysaccharides;Sanger sequencingbiotecnología;cactaceae;mucílago;secuenciación SangerOptimization of a DNA extraction method using Subepidermis from Austrocylindropuntia and Opuntia-OpuntioideaeOptimización de un método de extracción de ADN utilizando Subepidermis de Austrocylindropuntia y Opuntia-Opuntioideaeinfo:eu-repo/semantics/articlehttp://purl.org/coar/resource_type/c_6765http://purl.org/coar/resource_type/c_2df8fbb1info:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a349http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Rache-Cardenal, Leidy YaniraAlbesiano-Hoyos, Adriana SofíaTall, Hamidou001/10400oai:repositorio.uptc.edu.co:001/104002025-07-18 11:51:36.698metadata.onlyhttps://repositorio.uptc.edu.coRepositorio Institucional UPTCrepositorio.uptc@uptc.edu.co
dc.title.en-US.fl_str_mv Optimization of a DNA extraction method using Subepidermis from Austrocylindropuntia and Opuntia-Opuntioideae
dc.title.es-ES.fl_str_mv Optimización de un método de extracción de ADN utilizando Subepidermis de Austrocylindropuntia y Opuntia-Opuntioideae
title Optimization of a DNA extraction method using Subepidermis from Austrocylindropuntia and Opuntia-Opuntioideae
spellingShingle Optimization of a DNA extraction method using Subepidermis from Austrocylindropuntia and Opuntia-Opuntioideae
biotechnology;
cactaceae;
polysaccharides;
Sanger sequencing
biotecnología;
cactaceae;
mucílago;
secuenciación Sanger
title_short Optimization of a DNA extraction method using Subepidermis from Austrocylindropuntia and Opuntia-Opuntioideae
title_full Optimization of a DNA extraction method using Subepidermis from Austrocylindropuntia and Opuntia-Opuntioideae
title_fullStr Optimization of a DNA extraction method using Subepidermis from Austrocylindropuntia and Opuntia-Opuntioideae
title_full_unstemmed Optimization of a DNA extraction method using Subepidermis from Austrocylindropuntia and Opuntia-Opuntioideae
title_sort Optimization of a DNA extraction method using Subepidermis from Austrocylindropuntia and Opuntia-Opuntioideae
dc.subject.en-US.fl_str_mv biotechnology;
cactaceae;
polysaccharides;
Sanger sequencing
topic biotechnology;
cactaceae;
polysaccharides;
Sanger sequencing
biotecnología;
cactaceae;
mucílago;
secuenciación Sanger
dc.subject.es-ES.fl_str_mv biotecnología;
cactaceae;
mucílago;
secuenciación Sanger
description The taxonomic identification of species through analysis of the variation of orthologous DNA sequences, complement the information obtained with morphological characters. Cytogenetic studies indicate that polyploid taxa occur in the subfamily Opuntioideae, Opuntia ficus-indica, contributing to morphological variability in the individuals of a population, and influencing the correct identification of species. However, the lengths of the sequences in Opuntioideae are affected by the extraction of pure DNA. Different extraction methods were evaluated and modified, and a procedure was established to obtain good quality DNA, free of inhibitors for gene amplification by polymerase chain reaction. The ratio A260/A280 and A260/A230 ranged from 1.6 to 2.1, revealing absence of contamination with the modified protocol for DNA extraction from cotton leaves. This method is inexpensive compared to those of commercial manufacturers and, therefore, can be applied in studies with limited resources.
publishDate 2022
dc.date.accessioned.none.fl_str_mv 2024-07-05T18:04:14Z
dc.date.available.none.fl_str_mv 2024-07-05T18:04:14Z
dc.date.none.fl_str_mv 2022-08-15
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
dc.type.coar.fl_str_mv http://purl.org/coar/resource_type/c_2df8fbb1
dc.type.coarversion.fl_str_mv http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85
dc.type.coar.spa.fl_str_mv http://purl.org/coar/resource_type/c_6765
dc.type.version.spa.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.coarversion.spa.fl_str_mv http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a349
format http://purl.org/coar/resource_type/c_6765
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv https://revistas.uptc.edu.co/index.php/investigacion_duitama/article/view/15273
10.19053/20278306.v12.n2.2022.15273
dc.identifier.uri.none.fl_str_mv https://repositorio.uptc.edu.co/handle/001/10400
url https://revistas.uptc.edu.co/index.php/investigacion_duitama/article/view/15273
https://repositorio.uptc.edu.co/handle/001/10400
identifier_str_mv 10.19053/20278306.v12.n2.2022.15273
dc.language.none.fl_str_mv spa
dc.language.iso.spa.fl_str_mv spa
language spa
dc.relation.none.fl_str_mv https://revistas.uptc.edu.co/index.php/investigacion_duitama/article/view/15273/12485
https://revistas.uptc.edu.co/index.php/investigacion_duitama/article/view/15273/13217
dc.rights.es-ES.fl_str_mv Derechos de autor 2022 Revista de Investigación, Desarrollo e Innovación
dc.rights.coar.fl_str_mv http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.coar.spa.fl_str_mv http://purl.org/coar/access_right/c_abf266
rights_invalid_str_mv Derechos de autor 2022 Revista de Investigación, Desarrollo e Innovación
http://purl.org/coar/access_right/c_abf266
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
text/xml
dc.publisher.es-ES.fl_str_mv Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia
dc.source.en-US.fl_str_mv Revista de Investigación, Desarrollo e Innovación; Vol. 12 No. 2 (2022): Julio-Diciembre; 305-314
dc.source.es-ES.fl_str_mv Revista de Investigación, Desarrollo e Innovación; Vol. 12 Núm. 2 (2022): Julio-Diciembre; 305-314
dc.source.none.fl_str_mv 2389-9417
2027-8306
institution Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia
repository.name.fl_str_mv Repositorio Institucional UPTC
repository.mail.fl_str_mv repositorio.uptc@uptc.edu.co
_version_ 1839633882225311744