Ecología y evolución: Un análisis de diversidad funcional basado en filogenia comparativa de un ensamble de anuros en un paisaje andino
Figuras, tablas
- Autores:
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2025
- Institución:
- Universidad de Caldas
- Repositorio:
- Repositorio Institucional U. Caldas
- Idioma:
- eng
spa
- OAI Identifier:
- oai:repositorio.ucaldas.edu.co:ucaldas/22382
- Acceso en línea:
- https://repositorio.ucaldas.edu.co/handle/ucaldas/22382
- Palabra clave:
- 570 - Biología
1. Ciencias Naturales
Anura
Assemblies
Andes tropicales
Áreas perturbadas
Caldas
Bosque
Diversidad taxonómica
Diversidad funcional
Ensambles
Filogenia
Disturbed areas
Forest
Functional diversity
Phylogeny
Taxonomic diversity
Tropical Andes
Biología
Ecología
Paisaje
- Rights
- License
- https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
| id |
REPOUCALDA_3ccdf88788aed972f412628110bd3698 |
|---|---|
| oai_identifier_str |
oai:repositorio.ucaldas.edu.co:ucaldas/22382 |
| network_acronym_str |
REPOUCALDA |
| network_name_str |
Repositorio Institucional U. Caldas |
| repository_id_str |
|
| dc.title.none.fl_str_mv |
Ecología y evolución: Un análisis de diversidad funcional basado en filogenia comparativa de un ensamble de anuros en un paisaje andino |
| title |
Ecología y evolución: Un análisis de diversidad funcional basado en filogenia comparativa de un ensamble de anuros en un paisaje andino |
| spellingShingle |
Ecología y evolución: Un análisis de diversidad funcional basado en filogenia comparativa de un ensamble de anuros en un paisaje andino 570 - Biología 1. Ciencias Naturales Anura Assemblies Andes tropicales Áreas perturbadas Caldas Bosque Diversidad taxonómica Diversidad funcional Ensambles Filogenia Disturbed areas Forest Functional diversity Phylogeny Taxonomic diversity Tropical Andes Biología Ecología Paisaje |
| title_short |
Ecología y evolución: Un análisis de diversidad funcional basado en filogenia comparativa de un ensamble de anuros en un paisaje andino |
| title_full |
Ecología y evolución: Un análisis de diversidad funcional basado en filogenia comparativa de un ensamble de anuros en un paisaje andino |
| title_fullStr |
Ecología y evolución: Un análisis de diversidad funcional basado en filogenia comparativa de un ensamble de anuros en un paisaje andino |
| title_full_unstemmed |
Ecología y evolución: Un análisis de diversidad funcional basado en filogenia comparativa de un ensamble de anuros en un paisaje andino |
| title_sort |
Ecología y evolución: Un análisis de diversidad funcional basado en filogenia comparativa de un ensamble de anuros en un paisaje andino |
| dc.contributor.none.fl_str_mv |
Ramírez Castaño, Viviana Andrea Rodríguez-Rey, Ghennie Tatiana Grupo de Ecología y Diversidad de Anfibios y Reptiles (Categoría B) |
| dc.subject.none.fl_str_mv |
570 - Biología 1. Ciencias Naturales Anura Assemblies Andes tropicales Áreas perturbadas Caldas Bosque Diversidad taxonómica Diversidad funcional Ensambles Filogenia Disturbed areas Forest Functional diversity Phylogeny Taxonomic diversity Tropical Andes Biología Ecología Paisaje |
| topic |
570 - Biología 1. Ciencias Naturales Anura Assemblies Andes tropicales Áreas perturbadas Caldas Bosque Diversidad taxonómica Diversidad funcional Ensambles Filogenia Disturbed areas Forest Functional diversity Phylogeny Taxonomic diversity Tropical Andes Biología Ecología Paisaje |
| description |
Figuras, tablas |
| publishDate |
2025 |
| dc.date.none.fl_str_mv |
2025-06-11T19:49:58Z 2025-06-11T19:49:58Z 2025-06 |
| dc.type.none.fl_str_mv |
Trabajo de grado - Pregrado http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f Text info:eu-repo/semantics/bachelorThesis |
| dc.identifier.none.fl_str_mv |
https://repositorio.ucaldas.edu.co/handle/ucaldas/22382 Universidad de Caldas Repositorio Institucional Universidad de Caldas repositorio.ucaldas.edu.co |
| url |
https://repositorio.ucaldas.edu.co/handle/ucaldas/22382 |
| identifier_str_mv |
Universidad de Caldas Repositorio Institucional Universidad de Caldas repositorio.ucaldas.edu.co |
| dc.language.none.fl_str_mv |
eng spa |
| language |
eng spa |
| dc.relation.none.fl_str_mv |
Acosta-Galvis, A. R., Huertas-Salgado, C., y Rada, M. (2006). Aproximación al conocimiento de los anfibios en una localidad del Magdalena Medio (Departamento de Caldas, Colombia). Revista de la Academia Colombiana de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, 30(115), 291-304. https://doi.org/10.18257/raccefyn.30(115).2006.2250 Abouheif, E. (1999). A method for testing the assumption of phylogenetic independence in comparative data. Evolutionary Ecology Research, 1, 895-909. Almeida‐Gomes, M., Vieira, M. V., Rocha, C. F. D., y Melo, A. S. (2019). Habitat amount drives the functional diversity and nestedness of anuran communities in an Atlantic Forest fragmented landscape. Biotropica, 51(6), 874-884. https://doi.org/10.1111/btp.12687 Álvarez-Grzybowska, E., Urbina-Cardona, N., Córdova-Tapia, F., y García, A. (2020). Amphibian communities in two contrasting ecosystems: Functional diversity and environmental filters. Biodiversity and Conservation, 29(8), 2457-2485. https://doi.org/10.1007/s10531-020-01984-w Álvarez-Mejía, L. M., Sanín, D., Álzate-Quintero, N. F., Castaño, N., Mancera-Santa, J. C. y González-Ocampo, G. (2007). Plantas de la Región Centro-sur de Caldas. Centro Editorial Universidad de Caldas. Manizales, Colombia. Anderson, E. P., Marengo, J. A., Villalba, R., Halloy, S. R. P., Young, B. E., Cordero, D., Gast, F., Jaimes, E. y Ruiz Carrascal, D. (2012). Consecuencias del cambio climático en los ecosistemas y servicios ecosistémicos de los Andes Tropicales. En: Herzog, S. K., Martínez, R., Jorgensen, P. M., y Tiessen, H. (Eds). Cambio climático y biodiversidad en los Andes Tropicales. Instituto Americano para la Investigación del Cambio Global. Angulo A., J. V. Rueda-Almonacid, J. V. Rodríguez-Mahecha y E. La Marca (Eds). (2006). Técnicas de inventario y monitoreo para los anfibios de la región tropical andina. Conservación Internacional. Serie Manuales de Campo Nº 2. Panamericana Formas e Impresos S.A., Bogotá D.C. Ashton, K. G. (2004). Comparing phylogenetic signal in intraspecific and interspecific body size datasets. Journal of Evolutionary Biology, https://doi.org/10.1111/j.1420-9101.2004.00764.x 17(5), Article 5. Ballesteros Correa, J., y Pérez-Torres, J. (2016). Functional diversity: A key aspect in the provision of ecosystem services. Revista Colombiana de Ciencia Animal - RECIA, 8(1), Article 1. https://doi.org/10.24188/recia.v8.n1.2016.232 Barr, W. A., y Scott, R. S. (2014). Phylogenetic comparative methods complement discriminant function analysis in ecomorphology. American Journal of Physical Anthropology, 153(4), Article 4. https://doi.org/10.1002/ajpa.22462 Bell, K. E., y Donnelly, M. A. (2006). Influence of Forest Fragmentation on Community Structure of Frogs and Lizards in Northeastern Costa Rica. Conservation Biology, 20(6), 1750-1760. https://doi.org/10.1111/j.1523-1739.2006.00522.x Benício, R. A., Provete, D. B., Lyra, M. L., Heino, J., Haddad, C. F. B., Rossa‐Feres, D. D. C., y Da Silva, F. R. (2021). Differential speciation rates, colonization time and niche conservatism affect community assembly across adjacent biogeographical regions. Journal of Biogeography, 48(9), 2211-2225. https://doi.org/10.1111/jbi.14145 Blanco-Torres, A., Baruffol, M., Acosta Galvis, A., y Nuñez Otaño, N. (2019). Rasgos funcionales de anfibios de Colombia. Editorial Alexander von Humboldt. Blanco-Torres, A. y Bonilla Gómez, M. A. (2010). Partición de microhábitats entre especies de Bufonidae y Leiuperidae (Amphibia: Anura) en áreas con bosque seco tropical de la región Caribe-Colombia. Acta Biológica Colombiana 15:47-60. Bolochio, B. E., Lescano, J. N., Cordier, J. M., Loyola, R., y Nori, J. (2020). A functional perspective for global amphibian conservation. https://doi.org/10.1016/j.biocon.2020.108572 Biological Conservation, 245, 108572. Burbano Yandi, C. E., Gómez Díaz, M. A., Gómez Figueroa, A., Velásquez Trujillo, D. A. y Bolívar García, W. (2016). Ensamblaje de anfibios presentes en un bosque seco y en sistemas productivos, Valle Medio del Magdalena, Victoria y La Dorada, Caldas, Colombia. Revista de Ciencias 20:81-93. Bruening, S. 2002. Lithobates catesbeianus (On-line), https://animaldiversity.org/accounts/Lithobates_catesbeianus/ Animal Diversity Web. Cadotte, M. W., Carscadden, K., y Mirotchnick, N. (2011). Beyond species: Functional diversity and the maintenance of ecological processes and services. Journal of Applied Ecology, 48(5), Article 5. https://doi.org/10.1111/j.1365-2664.2011.02048.x Campos, F. S., Lourenço-De-Moraes, R., Rudoy, A., Rödder, D., Llorente, G. A. y Solé, M. (2019). Ecological trait evolution in amphibian phylogenetic relationships. Ethology Ecology & Evolution, 31(6), 526-543. https://doi.org/10.1080/03949370.2019.1630012 Carson, W. P., y Schnitzer, S. A. (2008). Tropical forest community ecology. Wiley-Blackwell. Castaño-Quintero, S. M., Escobar-Luján, J., Villalobos, F., Ochoa-Ochoa, L. M., y Yáñez-Arenas, C. (2022). Amphibian Diversity of the Yucatan Peninsula: Representation in Protected Areas and Climate Change Impacts. Diversity, 14(10), 813. https://doi.org/10.3390/d14100813 Castroviejo-Fisher, S., Ayarzagüena, J., y Vilà, C. (2007). A new species of Hyalinobatrachium (Centrolenidae: Anura) from Serranía de Perijá, Venezuela. Zootaxa 1441: 51–62. Cavender‐Bares, J., Kozak, K. H., Fine, P. V. A., y Kembel, S. W. (2009). The merging of community ecology and phylogenetic biology. https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2009.01314.x Ecology Letters, 12(7), 693-715. Chalcraft, D. R. y Resetarits, Jr., W. J. (2003). Predator identity and ecological impacts: functional redundancy. Ecology, 84, 2407–2418. Chao, A., y Jost, L. (2012). Coverage-based rarefaction and extrapolation: standardizing samples by completeness rather than size. Ecology. 93 (12): 2533-2547. CHEC Grupo EPM (2023). Informe de Sostenibilidad CHEC 2023: Agua y biodiversidad [PDF]. www.chec.com.co CHEC Grupo EPM (2024). Informe de Sostenibilidad CHEC 2024: Ambiental [PDF]. www.chec.com.co Collins, J. P., y Crump, M. L. (2009). Extinction in our times: Global amphibian decline. Oxford University Press. Cooper, N., Thomas, G. H., y FitzJohn, R. G. (2016). Shedding light on the ‘dark side’ of phylogenetic comparative methods. Methods in Ecology and Evolution, 7(6), Article 6. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12533 Córdova-Tapia, F., y Zambrano, L. (2015). Functional diversity in community ecology. Ecosistemas, 24(3), 78-87. https://doi.org/10.7818/ECOS.2015.24-3.10 Cortés-Gómez, A. M., Ramírez-Pinilla, M. P., y Urbina-Cardona, N. (2015a). Protocolo para la medición de rasgos funcionales en anfibios. En: Salgado Negret, B. (ed). La ecología funcional como aproximación al estudio, manejo y conservación de la biodiversidad: Protocolos y aplicaciones. Editorial Alexander von Humboldt. Cortés-Gomez, A. M., Ruiz-Agudelo, C. A., Valencia-Aguilar, A., y Ladle, R. J. (2015b). Ecological functions of neotropical amphibians and reptiles: A review. Universitas Scientiarum, 20(2), 229. https://doi.org/10.11144/Javeriana.SC20-2.efna Crump, M. L. (2015). Anuran Reproductive Modes: Evolving Perspectives. Journal of Herpetology, 49(1), 1-16. https://doi.org/10.1670/14-097 Cuatrecasas, J. (1958). Aspectos de la vegetación natural de Colombia. Revista de la Academia Colombiana de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. 10 (40): 107–140. Dalmolin, D. A., Tozetti, A. M., y Pereira, M. J. R. (2020). Turnover or intraspecific trait variation: Explaining functional variability in a neotropical anuran metacommunity. Aquatic Sciences, 82(3), 62. https://doi.org/10.1007/s00027-020-00736-w Dehling, J. M., y Dehling, D. M. (2021). Conserving ecological functions of frog communities in Borneo requires diverse forest landscapes. Global Ecology and Conservation, 26, e01481. https://doi.org/10.1016/j.gecco.2021.e01481 De Souza, A. M., y Eterovick, P. C. (2011). Environmental factors related to anuran assemblage composition, richness and distribution at four large rivers under varied impact levels in southeastern Brazil. River https://doi.org/10.1002/rra.1410 Research and Applications, 27(8), 1023-1036. De Vries, A. y Ripley, B.D. (2024). ggdendro: Create Dendrograms and Tree Diagrams Using 'ggplot2'. R package version 0.2.0 Díaz, S., Lavorel, S., Chapin, F. S., Tecco, P. A., Gurvich, D. E., y Grigulis, K. (2007). Functional Diversity—At the Crossroads between Ecosystem Functioning and Environmental Filters. En J. G. Canadell, D. E. Pataki, y L. F. Pitelka (Eds.), Terrestrial Ecosystems in a Changing World (pp. 81-91). Springer Berlin Heidelberg. https://doi.org/10.1007/978-3-540-32730-1_7 Díaz-García, J. M., Pineda, E., López-Barrera, F., y Moreno, C. E. (2017). Amphibian species and functional diversity as indicators of restoration success in tropical montane forest. Biodiversity and Conservation, 26(11), 2569-2589. https://doi.org/10.1007/s10531-017-1372-2 Díaz-García, J. M., López-Barrera, F., Toledo-Aceves, T., Andresen, E., Moreno, C. E., y Pineda, E. (2022). Functional diversity and redundancy of amphibians, ants, and dung beetles in passive and active cloud forest restoration. https://doi.org/10.1016/j.ecoleng.2022.106806 Ecological Engineering, 185, 106806. Dolédec, S., Chessel, D., Ter Braak, C. J. F., y Champely, S. (1996). Matching species traits to environmental variables: A new three-table ordination method. Environmental and Ecological Statistics, 3(2), 143-166. https://doi.org/10.1007/BF02427859 Dray, S., Choler, P., Dolédec, S., Peres-Neto, P. R., Thuiller, W., Pavoine, S., y Ter Braak, C. J. F. (2014). Combining the fourth‐corner and the RLQ methods for assessing trait responses to environmental variation. Ecology, 95(1), 14-21. https://doi.org/10.1890/13-0196.1 Dray, S. y Dufour, A. (2007). The ade4 Package: Implementing the Duality Diagram for Ecologists. Journal of Statistical Software, 22(4), 1-20. Duarte-Ballesteros, L., Urbina-Cardona, N. y Saboyá-Acosta, L. (2021). Ensamblajes de anuros y su relación multiespacial con la heterogeneidad espacial en el Valle de los Frailejones del Parque Nacional Natural Chingaza. Caldasia, 43, 1. https:// dx.doi.org/10.15446/caldasia.v43n1.84860 Duarte-Marin, S., González-Acosta, C., y Vargas-Salinas, F. (2018). Estructura y composición de ensamblajes de anfibios en tres tipos de hábitat en el Parque Nacional Natural Selva de Florencia, Cordillera Central de Colombia. Revista de la Academia Colombiana de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, 42(163), 227. https://doi.org/10.18257/raccefyn.631 Duellman, W. E., y Trueb, L. (1994). Biology of amphibians. Johns Hopkins University Press. Edgar, R. C. (2004). MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Research 32: 1792–1797. Engel, T., Blowes, S. A., McGlinn, D. J., Gotelli, N. J., McGill, B. J., y Chase, J. M. (2022). How does variation in total and relative abundance contribute to gradients of species diversity? Ecology and Evolution, 12(8), e9196. https://doi.org/10.1002/ece3.9196 Ernst, R., Keller, A., Landburg, G., Grafe, T. U., Linsenmair, K. E., Rödel, M., y Dziock, F. (2011). Common ancestry or environmental trait filters: Cross‐continental comparisons of trait–habitat relationships in tropical anuran amphibian assemblages. Global Ecology and Biogeography, 21(7), 704-715. https://doi.org/10.1111/j.1466-8238.2011.00719.x Ernst, R., Linsenmair, K. E., y Rödel, M. O. (2006). Diversity erosion beyond the species level: Dramatic loss of functional diversity after selective logging in two tropical amphibian communities. Biological Conservation, 133(2), 143-155. https://doi.org/10.1016/j.biocon.2006.05.028 Flynn, D. F. B., Mirotchnick, N., Jain, M., Palmer, M. I., y Naeem, S. (2011). Functional and phylogenetic diversity as predictors of biodiversity–ecosystem-function relationships. Ecology, 92(8), Article 8. https://doi.org/10.1890/10-1245.1 Fox, J. y Weisberg, S. (2019). An R Companion to Applied Regression. Sage, Thousand Oaks CA, 3rd edition. URL http://z.umn.edu/carbook. Frost, D. R. (2024). Amphibian Species of the World: an Online Reference. Version 6.2 (May 30 of 2025). Electronic Database accessible at https://amphibiansoftheworld.amnh.org/index.php. American Museum of Natural History, New York, USA. doi.org/10.5531/db.vz.0001 Fundación Proaves (2009). Modelamiento de indicadores para evaluar el cambio en la biodiversidad en el proyecto MDL forestal para la cuenca del río Chinchiná (PROCUENCA-FAO). Conservación Colombiana 9: 1-115. Galindo-Uribe, D. M., Hoyos-Hoyos, J. M., Isaacs-Cubides, P., Corral-Gómez, N., y Urbina-Cardona, N. (2022). Classification and sensitivity of taxonomic and functional diversity indices of anurans in the Andean coffee cultural landscape. Ecological Indicators, 136, 108650. https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2022.108650 Gotelli, N. J., y Graves, G. R. (1996). Null Models in Ecology. Washington, D.C., EEUU: Smithsonian Institution Press. Guzmán D., Ruíz, J. F. y Cadena M. (2014). Regionalización de Colombia según la estacionalidad de la precipitación media mensual, a través análisis de componentes principales (acp). Subdirección de Meteorología IDEAM. Colombia. [Online]. Disponible en: https://tinyurl.com/33f2dwjz Hackathon, R. C. S. B., Desper, R., y Paradis, E. (2021). phylobase: Base package for phylogenetic structures and comparative https://cran.r-project.org/package=phylobase data. R package version 0.8.10. Hernández‐Ordóñez, O., Santos, B. A., Pyron, R. A., Arroyo‐Rodríguez, V., Urbina-Cardona, J. N., Martínez‐Ramos, M., Parra‐Olea, G., y Reynoso, V. H. (2019). Species sorting and mass effect along forest succession: Evidence from taxonomic, functional, and phylogenetic diversity of amphibian communities. Ecology and Evolution, 1-13. https://doi.org/10.1002/ece3.5110 Hoang, D.T., Chernomor, O., von Haeseler, A., Minh, B.Q. y Vinh, L.S. (2018) UFBoot2: Improving the ultrafast bootstrap approximation. Molecular Biology and Evolution, 35 (2), 518–522. Holdridge, L. R. (1966). The life zone system. Adansonia, 6 (2): 199–203. Hsieh, T. C., Ma, K., y Chao, A. (2016). iNEXT: An R package for rarefaction and extrapolation of species diversity (Hill numbers). Methods in Ecology and Evolution. 7: 1451–1456 Jiménez-Vargas, G. M., Atehortua-Vallejo, M. A., Arcila-Pérez, L. F., Carvajal-Castro, J. D., y Vargas-Salinas, F. (2021). Does abiotic noise promote segregation of functional diversity in Neotropical anuran assemblages? Biological Journal of the Linnean Society, 132(4), 847-860. https://doi.org/10.1093/biolinnean/blaa232 Jin, Y., y Qian, H. (2019). V.PhyloMaker: An R package that can generate very large phylogenies for vascular plants. Ecography, 42(8), 1353-1359. https://doi.org/10.1111/ecog.04434 Jombart, T., Balloux, F. y Dray, S. (2010a). “adephylo: new tools for investigating the phylogenetic signal in biological traits.” Bioinformatics, 26, 1907-1909. Jombart, T., Pavoine, S., Devillard, S. y Pontier, D. (2010b). Putting phylogeny into the analysis of biological traits: A methodological approach. Journal of Theoretical Biology, 264, 693–701. Jost, L. (2006). Entropy and diversity. Oikos, 113(2), 363–375. Kanowski, J. J., Reis, T. M., Catterall, C. P., y Piper, S. D. (2006). Factors Affecting the Use of Reforested Sites by Reptiles in Cleared Rainforest Landscapes in Tropical and Subtropical Australia. Restoration Ecology, 14(1), 67-76. https://doi.org/10.1111/j.1526-100X.2006.00106.x Kassambara, A. y Mundt, F. (2020). factoextra: Extract and Visualize the Results of Multivariate Data Analyses. R package version 1.0.7 Keck, F., Rimet, F., Bouchez, A. y Franc, A. (2016). phylosignal: an R package to measure, test, and explore the phylogenetic signal. Ecology and Evolution, 6(9), 2774-2780. Laliberté, E., y Legendre, P. (2010). A distance-based framework for measuring functional diversity from multiple traits. Ecology, 91(1), 299–305. https://doi.org/10.1890/08-2244.1 Laliberté, E., Legendre, P. y Shipley, B. (2014). FD: measuring functional diversity from multiple traits, and other tools for functional ecology. R package version 1.0-12.3. Lauder, G. V. (1981). Form and function: Structural analysis in evolutionary morphology. Paleobiology, 7(4), Article 4. https://doi.org/10.1017/S0094837300025495 Lavorel, S., Grigulis, K., Lamarque, P., Colace, M.-P., Garden, D., Gire, J., Pellet, G., y Douzet, R. (2008). Assessing functional diversity in the field – Methodology matters!. Functional Ecology, 22(1), 134–147. https://doi.org/10.1111/j.1365-2435.2007.01339.x Legendre, P., y Fortin, M. (2010). Comparison of the Mantel test and alternative approaches for detecting complex multivariate relationships in the spatial analysis of genetic data. Molecular Ecology Resources, 10(5), 831-844. https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2010.02866.x Legendre, P., y Legendre, L. (Eds.). (1998). Numerical ecology (2nd English ed). Elsevier. Lin, X., Shih, C., Hou, Y., Shu, X., Zhang, M., Hu, J., Jiang, J., y Xie, F. (2021). Climatic‐niche evolution with key morphological innovations across clades within Scutiger boulengeri (Anura: Megophryidae). Ecology and Evolution, 11(15), Article 15. https://doi.org/10.1002/ece3.7838 Lips K. R., Reaser J. K., Young B. E. y Ibáñez R. (2001) Amphibian monitoring in Latin America: a protocol manual: society for the study of amphibians and reptiles. Herpetological Circular 30:1–115 López‐Bedoya, P. A., Cardona‐Galvis, E. A., Urbina‐Cardona, J. N., Edwards, F. A. y Edwards, D. P. (2022). Impacts of pastures and forestry plantations on herpetofauna: a global meta‐analysis. Journal of Applied Ecology 59:3038-3048. Maddison, W. P. y Maddison D. R. (2010). Mesquite: a modular system for evolutionary analysis, Version 2.73. Maechler, M., Rousseeuw, P., Struyf, A., Hubert, M. y Hornik, K. (2025). cluster: Cluster Analysis Basics and Extensions. R package version 2.1.8.1. Magurran, A. E. (1988). Ecological diversity and its measurement. C. Helm (Ed.). New Jersey, EE.UU.: Princeton University Press. Mason, N., Mouillot, D., Lee, W., y Wilson, J. (2005). Functional richness, functional evenness and functional divergence: The primary components of functional diversity. Oikos. 111: 112–118. Mason, N. W. H., y De Bello, F. (2013). Functional diversity: A tool for answering challenging ecological questions. Journal of Vegetation Science, 24(5), 777-780. https://doi.org/10.1111/jvs.12097 Moreno, S. E. (2008). Plasticidades ontogénicas en la dieta de los anuros (Amphibia) colectados en la cuenca del Río la Vieja en el Departamento del Quindío. [Tesis de pregrado, Universidad Javeriana]. Recuperado de: http://hdl.handle.net/10554/55219 Moreno, C. E., Barragán, F., Pineda, E., y Pavón, N. P. (2011). Reanálisis de la diversidad alfa: Alternativas para interpretar y comparar información sobre comunidades ecológicas. Revista Mexicana de Biodiversidad. 82(4): 1249–1261. Mouillot, D., Villéger, S., S., S., Scherer-Lorenzen, M., y Mason, N. W. H. (2011). Functional Structure of Biological Communities Predicts Ecosystem Multifunctionality. PLoS ONE, 6(3), Article 3. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0017476 Mouchet, M., Guilhaumon, F., Villéger, S., Mason, N., Tomasini, J., y Mouillot, D. (2008). Towards a consensus for calculating dendrogram-based functional diversity indices. Oikos. 117: 794–800. Munro, N. T., Lindenmayer, D. B., y Fischer, J. (2007). Faunal response to revegetation in agricultural areas of Australia: A review. Ecological Management & Restoration, 8(3), 199-207. https://doi.org/10.1111/j.1442-8903.2007.00368.x Oksanen, J., Blanchet, F. G., Friendly, M., Kindt, R., Legendre, P., McGlinn, D., Minchin, P. R., O'Hara, R. B., Simpson, G. L., Solymos, P., Stevens, M. H. H., Szoecs, E., y Wagner, H. (2024). vegan: Community Ecology Package. https://CRAN.R-project.org/package=vegan R package version 2.6-6. Oliveira, B. F., São-Pedro, V. A., Santos-Barrera, G., Penone, C., y Costa, G. C. (2017). AmphiBIO, a global database for amphibian ecological traits. Scientific Data, 4(1), Article 1. https://doi.org/10.1038/sdata.2017.123 Ortega-Álvarez, R., Lindig-Cisneros, R., MacGregor-Fors, I., Renton, K., y Schondube, J. E. (2013). Avian community responses to restoration efforts in a complex volcanic landscape. Ecological Engineering, 53, 275-283. https://doi.org/10.1016/j.ecoleng.2012.12.058 Ortiz-Yusty, C. E., Páez, V., y Zapata, F. A. (2013). Temperatura y precipitación como elementos de predicción de la riqueza de especies de anfibios del norte de los Andes en Colombia. Caldasia, 35(1), 65-80. Paradis, E. y Schliep, K. (2019). Ape 5.0: an environment for modern phylogenetics and evolutionary analyses in R. Bioinformatics, 35, 526-528. Pavoine, S., Ollier, S., Pontier, D. y Chessel, D. (2008). Testing for phylogenetic signal in life history variables: Abouheif’s test revisited. Theoretical Population Biology, 73, 79–91. Pennell, M. W., y Harmon, L. J. (2013). An integrative view of phylogenetic comparative methods: Connections to population genetics, community ecology, and paleobiology. Annals of the New York Academy of Sciences, 1289(1), Article 1. https://doi.org/10.1111/nyas.12157 Petchey, O. L., y Gaston, K. J. (2006). Functional diversity: Back to basics and looking forward. Ecology Letters, 9(6), 741-758. https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2006.00924.x Pla, L., Casanoves, F., y Rienzo, J. A. D. (2011). Cuantificación de la diversidad funcional. En Casanoves, F., Pla, L., y Di Rienzo, J. (Eds.). Valoración y análisis de la diversidad funcional y su relación con los servicios ecosistémicos, (pp. 33-44). Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza. Portik, D. M., Streicher, J. W., y Wiens, J. J. (2023). Frog phylogeny: A time-calibrated, species-level tree based on hundreds of loci and 5,242 species. Molecular Phylogenetics and Evolution, 188, 107907. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2023.107907 Pough, F. H. (2016). Herpetology (Fourth edition). Sinauer Associates, Inc., Publishers. Pramuk J. B., Robertson T., Sites J. W. y Noonan B. P. (2008). Around the world in 10 million years: biogeography of the nearly cosmopolitan true toads (Anura: Bufonidae). Global Ecology Biogeography 17: 72–83. Rambaut, A. (2010) FigTree v1.3.1. Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh, Edinburgh. http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/. Acceso el 30 de marzo del 2025. Ramírez-Chaves H. E., Cardona Galvis E. A., Henao-Osorio J. J., Cardona-Giraldo A., Caicedo-Martínez S., Arias-Monsalve H. F. y Rojas-Morales J. A. (2022). Anfibios (Amphibia) del departamento de Caldas, Colombia. v1.0. https://doi.org/10.15472/jgfmdo Universidad de Caldas. Dataset/Checklist. R Core Team (2024). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. Ribeiro, J., Colli, G. R., Batista, R., y Soares, A. (2017). Landscape and local correlates with anuran taxonomic, functional and phylogenetic diversity in rice crops. Landscape Ecology, 32(8), 1599-1612. https://doi.org/10.1007/s10980-017-0525-8 Robinson, W. D., y Robinson, S. K. (1999). Effects of Selective Logging on Forest Bird Populations in a Fragmented Landscape. Conservation https://doi.org/10.1046/j.1523-1739.1999.97226.x Biology, 13(1), 58-66. Rojas-Morales, J. A., Arias-Monsalve, H. F., y González-Durán, G. A. (2014). Anfibios y reptiles de la región centro-sur del departamento de Caldas, Colombia. Biota Colombiana, 15(1), 73-93. https://www.redalyc.org/articulo.oa?id=49140738005 Rojas‐Cortés, Á. P., Gasca‐Pineda, J., González‐Rodríguez, A., y Ibarra‐Manríquez, G. (2024). Genomic diversity and structure of a Neotropical microendemic fig tree. Ecology and Evolution, 14(3), e11178. https://doi.org/10.1002/ece3.11178 Román-Palacios, C., Fernández Garzón, S., Hernández, M., Ishida Castañeda, J., Gallo Franco, J. J., Bolívar García, W., y Giraldo, A. (2016). Uso de microhábitat por anuros en un fragmento de bosque seco intervenido del Magdalena medio, Guarinocito, Caldas. Boletín Científico Centro de Museos Museo de Historia Natural, 20(2), 181-196. https://doi.org/10.17151/bccm.2016.20.2.14 Ruiz‐Jaen, M. C., y Aide, M. T. (2005). Restoration Success: How Is It Being Measured? Restoration Ecology, 13(3), 569-577. https://doi.org/10.1111/j.1526-100X.2005.00072.x Sahlsten, J., Wickström, F., y Höglund, J. (2010). Hazel grouse Bonasa bonasia population dynamics in a fragmented landscape: A metapopulation approach. Wildlife Biology, 16(1), 35-46. https://doi.org/10.2981/07-086 Salgado-Negret, B. y Paz, H. (2016). Escalando de los rasgos funcionales a procesos poblacionales, comunitarios y ecosistémicos. En: Salgado Negret, B. (ed). La ecología funcional como aproximación al estudio, manejo y conservación de la biodiversidad: Protocolos y aplicaciones. Editorial Alexander von Humboldt. Sanin, D., Sierra-Giraldo, J. A., Posada-Herrera, J. M. y Ramírez-G., J. (2014). Inventario florístico de los bosques de La Esmeralda, margen del río Cauca (Chinchiná, Caldas, Colombia). Boletín Científico del Museo de Historia Natural de la Universidad de Caldas, 18 (1): 17-45. http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0123-30682014000100002 Sarkar, D. (2008). Lattice: Multivariate Data Visualization with R. Springer, New York. ISBN 978-0-387-75968-5, http://lmdvr.r-forge.r-project.org. Schoch, R. R. (2014). Amphibian Evolution: The Life of Early Land Vertebrates. WILEY Blackwell Schulze, M. D., Seavy, N. E., y Whitacre, D. F. (2000). A Comparison of the Phyllostomid Bat Assemblages in Undisturbed Neotropical Forest and in Forest Fragments of a Slash‐and‐Burn Farming Mosaic in Petén, Guatemala https://doi.org/10.1111/j.1744-7429.2000.tb00459.x 1. Biotropica, 32(1), 174-184. Shaw, G. (1802). General Zoology or Systematic Natural History. Volume III, Part 1. Amphibia. London: Thomas Davison. Silvera Chimá, E. D. C., Acuña Vargas, J. C. y Urbina-Cardona, N. (2024). Efecto de borde sobre anuros del bosque seco tropical, potreros y plantaciones de palma de aceite, y su relación con variables ambientales en el caribe colombiano. Revista Latinoamericana de Herpetología, 7(1). https://doi.org/10.22201/fc.25942158e.2024.1.584 Simon, M. N., Ribeiro, P. L. y Navas, C. A. (2015). Upper thermal tolerance plasticity in tropical amphibian species from contrasting habitats: implications for warming impact prediction. Journal of Thermal Biology 48:36-44. Slowikowski, K. (2024). ggrepel: Automatically Position Non-Overlapping Text Labels with 'ggplot2'. R package version 0.9.5. https://CRAN.R-project.org/package=ggrepel Smith, G. C., Lewis, T., y Hogan, L. D. (2015). Fauna community trends during early restoration of alluvial open forest/woodland ecosystems on former agricultural land. Restoration Ecology, 23(6), 787-799. https://doi.org/10.1111/rec.12269 Smith, S. A. y O’Meara, B. C. (2012). treePL: divergence time estimation using penalized likelihood for large phylogenies. Bioinformatics 28, 2689–2690 Stamatakis, A. (2014). RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies. Bioinformatics 30, 1312–1313 Tal, G. (2015). Dendextend: an R package for visualizing, adjusting, and comparing trees of hierarchical clustering. Bioinformatics. Tamura, K., Stecher, G., y Kumar, S. (2021). MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 11. Molecular Biology and Evolution 38:3022-3027 Tardanico, J., y Hovestadt, T. (2023). Effects of compositional heterogeneity and spatial autocorrelation on richness and diversity in simulated landscapes. Ecology and Evolution, 13(12), e10810. https://doi.org/10.1002/ece3.10810 Tilman, D. (2001). Functional diversity. En Encyclopedia of Biodiversity (pp. 109-120). Elsevier. https://doi.org/10.1016/B0-12-226865-2/00132-2 Tilman, D., Isbell, F. y Cowles, J. M. (2014). Biodiversity and Ecosystem Functioning. Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics, https://doi.org/10.1146/annurev-ecolsys-120213-091917 45(1), 471-493. Trifinopoulos, J., Nguyen, L.M., Haeseler, A.V. y Minh, B.Q. (2016) W-IQ-Tree: a fast online phylogenetic tool for maximum likelihood analysis. Nucleic Acids Research, 44 (1), 232–235. Trimble, M. J., y Van Aarde, R. J. (2014). Amphibian and reptile communities and functional groups over a land‐use gradient in a coastal tropical forest landscape of high richness and endemicity. Animal Conservation, 17(5), 441-453. https://doi.org/10.1111/acv.12111 Urbina-Cardona, J. N., Olivares-Pérez, M. y Reynoso, V. H. (2006). Herpetofauna diversity and microenvironment correlates across a pasture edge interior ecotone in tropical rainforest fragments in the Los Tuxtlas Biosphere Reserve of Veracruz, Mexico. Biological Conservation 132:61-75. Urbina-Cardona, J. N., Navas, C. A., González, I., Gómez Martínez, M. J., Llano-Mejía, J., Medina-Rangel, G. F. y Blanco, A. (2014). Determinantes de la distribución de los anfibios en el bosque seco tropical de Colombia: herramientas para su conservación. pp. 163-189. En Pizano, C. y H. García (Eds.), El Bosque Seco Tropical en Colombia: Biodiversidad Asociada al Bosque Seco. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (IAvH). Bogotá D.C., Colombia. Urbina-Cardona, J. N., Nori, J., y Castro, F. (2011). Áreas vulnerables a la invasión actual y futura de la rana toro (Lithobates catesbeianus: Ranidae) en Colombia: estrategias propuestas para su manejo y control. Biota Colombiana, https://revistas.humboldt.org.co/index.php/biota/article/view/249 12(2). Urbina-Cardona, N., Castro, E. A. B., Giraldo-Echeverry, N., y Echeverry-Alcendra, A. (2015). El monitoreo de herpetofauna en los procesos de restauración ecológica: Indicadores y métodos. pp. 134-147. En Aguilar-Garavito, M. y Ramírez, W. (Eds.). Monitoreo a procesos de restauración ecológica aplicado a ecosistemas terrestres. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (IAvH). Bogotá D.C., Colombia. Vargas-Salinas, F., Muñoz-Avila, J. A., y Morales-Puentes, M. E. (2019). Biología de los anfibios y reptiles en el bosque seco tropical del norte de Colombia. Editorial UPTC. Vikrant, A., Pettersson, S., y Nilsson Jacobi, M. (2022). Spatial coherence and the persistence of high diversity in spatially heterogeneous landscapes. Ecology and Evolution, 12(6), e9004. https://doi.org/10.1002/ece3.9004 Villéger, S., Mason, N., y Mouillot, D. (2008). New multidimensional functional diversity indices for a multifaced framework in functional ecology. Ecology. 89: 2290–2301. Villéger, S., Ramos-Miranda, J., Flores-Hernandez, D., y Mouillot, D. (2010). Contrasting changes in taxonomic vs. functional diversity of tropical fish communities after habitat degradation. Ecological Applications. (20): 1512–1522. Violle, C., Navas, M., Vile, D., Kazakou, E., Fortunel, C., Hummel, I., y Garnier, E. (2007). Let the concept of trait be functional! https://doi.org/10.1111/j.0030-1299.2007.15559.x Oikos, 116(5), 882-892. Vitt, L. J., y Caldwell, J. P. (2014). Herpetology: An introductory biology of amphibians and reptiles (Fourth edition). Elsevier, AP, Academic Press is an imprint of Elsevier. Wang, Y., Naumann, U., Eddelbuettel, D., Wilshire, J. y Warton, D. (2022). mvabund: Statistical Methods for Analysing Multivariate Abundance Data. R package version 4.2.1, https://CRAN.R-project.org/package=mvabund. Webb, C. O., Ackerly, D. D., McPeek, M. A., y Donoghue, M. J. (2002). Phylogenies and Community Ecology. Annual Review of Ecology and https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.33.010802.150448 Systematics, 33(1), 475-505. Weiher, E., y Keddy, P. (1999). Ecological assembly rules: Perspectives, advances, retreats. Cambridge University Press. Cambridge. Wells, K. D. (2007). The Ecology and Behavior of Amphibians. The University of Chicago Press. Wickham, H., Averick, M., Bryan, J., Chang, W., McGowan, L. D., François, R., Grolemund, G., Hayes, A., Henry, L., Hester, J., Kuhn, M., Pedersen, T. L., Miller, E., Bache, S. M., Müller, K., Ooms, J., Robinson, D., Seidel, D. P., Spinu, V., … Yutani, H. (2019). Welcome to the tidyverse. Journal of Open Source Software, 4(43), 1686. https://doi.org/10.21105/joss.01686 Wickham, H. (2016). ggplot2: Elegant graphics for data analysis. New York: Springer-Verlag. Disponible en: https://ggplot2. tidyverse.org Wickham, H., François, R., Henry, L., y Müller, K. (2023). dyplr: A grammar of data manipulation version 1.1.4. https://CRAN.R-project.org/package=dplyr Zabala-Forero, F., y Urbina-Cardona, N. (2021). Respuestas de la diversidad taxonómica y funcional a la transformación del paisaje: Relación de los ensamblajes de anfibios con cambios en el uso y cobertura del suelo. Revista Mexicana https://doi.org/10.22201/ib.20078706e.2021.92.3443 de Biodiversidad, 92(0), 923443. |
| dc.rights.none.fl_str_mv |
https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ Atribución 4.0 Internacional (CC BY 4.0) |
| dc.rights.coar.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
| rights_invalid_str_mv |
https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ Atribución 4.0 Internacional (CC BY 4.0) http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
| dc.format.none.fl_str_mv |
71 páginas application/pdf application/pdf application/pdf application/pdf |
| dc.publisher.none.fl_str_mv |
Universidad de Caldas Facultad de Ciencias Exactas y Naturales Colombia, Caldas, Manizales Biología |
| publisher.none.fl_str_mv |
Universidad de Caldas Facultad de Ciencias Exactas y Naturales Colombia, Caldas, Manizales Biología |
| institution |
Universidad de Caldas |
| repository.name.fl_str_mv |
|
| repository.mail.fl_str_mv |
|
| _version_ |
1836145111104225280 |
| spelling |
Ecología y evolución: Un análisis de diversidad funcional basado en filogenia comparativa de un ensamble de anuros en un paisaje andino570 - Biología1. Ciencias NaturalesAnuraAssembliesAndes tropicalesÁreas perturbadasCaldasBosqueDiversidad taxonómicaDiversidad funcionalEnsamblesFilogeniaDisturbed areasForestFunctional diversityPhylogenyTaxonomic diversityTropical AndesBiologíaEcologíaPaisajeFiguras, tablasLa fragmentación en ecosistemas tropicales modifica los microhábitats, altera la estructura y composición de los ensambles de anuros a través de filtros ambientales. En la región Andina, la distribución de estos organismos depende de factores climáticos, convirtiéndolos en buenos modelos ecológicos para evaluar la influencia de la variación ambiental sobre la diversidad taxonómica y funcional. La integración de la diversidad filogenética permite una visión más holística de la respuesta de los ensambles frente a los cambios ambientales. Este estudio analizó los patrones evolutivos de rasgos funcionales en el ensamble de anuros de La Esmeralda (Chinchiná, Caldas) con las características ambientales en dos tipos de hábitat: bosque y áreas perturbadas. Se registraron 36 individuos, correspondientes al 22,8% de los anuros reportados para el Centro-Sur de Caldas, agrupados en ocho especies, siete géneros, seis familias y cuatro grupos funcionales. Los análisis mostraron que variables estructurales como la cobertura del dosel influyen sobre la composición de los ensambles, favoreciendo la presencia de especies con requerimientos especializados. En particular, los bosques presentaron mayor abundancia de especies y estuvieron dominados por especies especialistas, además mostraron mayor redundancia funcional. Por otro lado, las áreas perturbadas estuvieron dominadas por especies generalistas y presentaron mayor diferenciación funcional entre especies, debido posiblemente a la similitud limitante. Algunos rasgos funcionales relacionados con la locomoción y el uso vertical del hábitat mostraron conservadurismo filogenético, mientras que otros rasgos presentaron convergencia evolutiva atribuida a los filtros ambientales. En general, la filogenia reveló agrupamientos sobredispersos. Los resultados contribuyen al conocimiento ecológico y evolutivo de los anuros andinos y proporcionan herramientas conceptuales y metodológicas útiles para su conservación en paisajes fragmentados.Fragmentation in tropical ecosystems modifies microhabitats and alters the structure and composition of anuran assemblies through environmental filters. In the Andean region, the distribution of these organisms depends on climatic factors, making them good ecological models to evaluate the influence of environmental variation on taxonomic and functional diversity. The integration of phylogenetic diversity allows a more holistic view of assemblage responses to environmental change. This study analyzed the evolutionary patterns of functional traits in the anuran assembly of La Esmeralda (Chinchiná, Caldas) in relation to environmental characteristics across two habitat types: forest and disturbed areas. A total of 36 individuals were recorded, representing 22.8% of the anurans reported for the región Centro-Sur de Caldas, grouped into eight species, seven genera, six families, and four functional groups. Analyses indicated that structural variables such as canopy cover influence assemblage composition, favoring the presence of species with specialized requirements. In particular, forests exhibited higher species abundance, were dominated by specialist species, and showed greater functional redundancy. In contrast, disturbed areas were dominated by generalist species and presented greater functional differentiation among species, possibly due to limiting similarity. Some functional traits related to locomotion and vertical habitat use showed phylogenetic conservatism, while others traits exhibited evolutionary convergence attributed to environmental filters. Overall, the phylogeny revealed overdispersed assemblages. The results contribute to the ecological and evolutionary knowledge of Andean anurans and provide useful conceptual and methodological tools for their conservation in fragmented landscapes.Introducción -- Objetivo general -- Objetivos específicos -- Metodología -- Área de estudio -- Sitios de muestreo -- Variables ambientales -- Muestreo de anuros -- Rasgos funcionales -- Morfológicos -- Historia de vida -- Datos moleculares -- Análisis filogenéticos -- Análisis de datos -- Estructura del hábitat -- Diversidad taxonómica -- Diversidad funcional -- Enfoque comparativo -- Filogenia comparativa -- Resultados -- Estructura del hábitat -- Diversidad taxonómica -- Diversidad funcional -- Enfoque comparativo -- Filogenia comparativa -- Discusión -- Conclusiones -- Recomendaciones -- Anexos -- Referencias bibliográficasPregradoLa vereda La Esmeralda forma parte de la zona hidrográfica del río Cauca, en el municipio de Chinchiná del departamento de Caldas, ubicado en la cordillera Central (5°3’14.9’’ N, 75°44’00.5 O). Cuenta con un rango altitudinal entre los 1000 y 1070 m y es un área protegida perteneciente a predios administrados por la Central Hidroeléctrica de Caldas -CHEC- (Sanín et al., 2014). Estos predios de conservación, ubicados sobre un paisaje andino, están sometidos a un proceso de restauración y cuentan con especies vegetales como el cedro dorado (Cedrela odorata L.) y el nogal cafetero (Cordia alliodora (Ruiz y Pav.) (Álvarez-Mejía et al. 2007; Sanín et al., 2014). En función de sus características climáticas y altitudinales, y siguiendo la clasificación de zonas de vida propuesta por Holdridge, estos predios se ubican dentro del bosque semiseco tropical (Cuatrecasas, 1958; Holdridge, 1966), categoría que será adoptada para su referencia a lo largo del texto. Se incluyeron dos tipos de hábitat: 1) bosque semiseco tropical (Bosques, B), correspondiente a áreas con vegetación leñosa, y baja intervención antropogénica o utilizadas como rutas de turismo sostenible, y 2) áreas perturbadas (P) con alta intervención antropogénica, contiguas a construcciones o vías de acceso, caracterizadas por la presencia de especies pioneras y de rápido crecimiento. La clasificación de los sitios se basó en el inventario florístico de La Esmeralda (Sanín et al., 2014) y en salidas de reconocimiento. Se determinó que en los bosques dominaban especies arbóreas y arbustivas de las familias Fabaceae, Melastomataceae, Rubiaceae, Araceae y Orchidaceae, mientras que en las áreas perturbadas fueron comunes las hierbas, arbustos y especies adaptadas a áreas abiertas, pertenecientes a las familias Piperaceae, Polypodiaceae, Melastomataceae, Araceae y Poaceae (Sanín et al., 2014). En total, se incluyeron tres sitios para cada tipo de hábitat (Fig.1), los cuales se encontraban separados entre sí por más de 100 m, con el fin de reducir la probabilidad de incluir los mismos individuos durante cada recorrido. Los sitios de bosques abarcaron un rango altitudinal de 850 a 1030 m, y los sitios de áreas perturbadas, de 890 a 1040 m.Biólogo(a)EcologíaEvoluciónUniversidad de CaldasFacultad de Ciencias Exactas y NaturalesColombia, Caldas, ManizalesBiologíaRamírez Castaño, Viviana AndreaRodríguez-Rey, Ghennie TatianaGrupo de Ecología y Diversidad de Anfibios y Reptiles (Categoría B)Idárraga Valencia, Laura Nataly2025-06-11T19:49:58Z2025-06-11T19:49:58Z2025-06Trabajo de grado - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fTextinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesis71 páginasapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfhttps://repositorio.ucaldas.edu.co/handle/ucaldas/22382Universidad de CaldasRepositorio Institucional Universidad de Caldasrepositorio.ucaldas.edu.coengspaAcosta-Galvis, A. R., Huertas-Salgado, C., y Rada, M. (2006). Aproximación al conocimiento de los anfibios en una localidad del Magdalena Medio (Departamento de Caldas, Colombia). Revista de la Academia Colombiana de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, 30(115), 291-304. https://doi.org/10.18257/raccefyn.30(115).2006.2250Abouheif, E. (1999). A method for testing the assumption of phylogenetic independence in comparative data. Evolutionary Ecology Research, 1, 895-909.Almeida‐Gomes, M., Vieira, M. V., Rocha, C. F. D., y Melo, A. S. (2019). Habitat amount drives the functional diversity and nestedness of anuran communities in an Atlantic Forest fragmented landscape. Biotropica, 51(6), 874-884. https://doi.org/10.1111/btp.12687Álvarez-Grzybowska, E., Urbina-Cardona, N., Córdova-Tapia, F., y García, A. (2020). Amphibian communities in two contrasting ecosystems: Functional diversity and environmental filters. Biodiversity and Conservation, 29(8), 2457-2485. https://doi.org/10.1007/s10531-020-01984-wÁlvarez-Mejía, L. M., Sanín, D., Álzate-Quintero, N. F., Castaño, N., Mancera-Santa, J. C. y González-Ocampo, G. (2007). Plantas de la Región Centro-sur de Caldas. Centro Editorial Universidad de Caldas. Manizales, Colombia.Anderson, E. P., Marengo, J. A., Villalba, R., Halloy, S. R. P., Young, B. E., Cordero, D., Gast, F., Jaimes, E. y Ruiz Carrascal, D. (2012). Consecuencias del cambio climático en los ecosistemas y servicios ecosistémicos de los Andes Tropicales. En: Herzog, S. K., Martínez, R., Jorgensen, P. M., y Tiessen, H. (Eds). Cambio climático y biodiversidad en los Andes Tropicales. Instituto Americano para la Investigación del Cambio Global.Angulo A., J. V. Rueda-Almonacid, J. V. Rodríguez-Mahecha y E. La Marca (Eds). (2006). Técnicas de inventario y monitoreo para los anfibios de la región tropical andina. Conservación Internacional. Serie Manuales de Campo Nº 2. Panamericana Formas e Impresos S.A., Bogotá D.C.Ashton, K. G. (2004). Comparing phylogenetic signal in intraspecific and interspecific body size datasets. Journal of Evolutionary Biology, https://doi.org/10.1111/j.1420-9101.2004.00764.x 17(5), Article 5.Ballesteros Correa, J., y Pérez-Torres, J. (2016). Functional diversity: A key aspect in the provision of ecosystem services. Revista Colombiana de Ciencia Animal - RECIA, 8(1), Article 1. https://doi.org/10.24188/recia.v8.n1.2016.232Barr, W. A., y Scott, R. S. (2014). Phylogenetic comparative methods complement discriminant function analysis in ecomorphology. American Journal of Physical Anthropology, 153(4), Article 4. https://doi.org/10.1002/ajpa.22462Bell, K. E., y Donnelly, M. A. (2006). Influence of Forest Fragmentation on Community Structure of Frogs and Lizards in Northeastern Costa Rica. Conservation Biology, 20(6), 1750-1760. https://doi.org/10.1111/j.1523-1739.2006.00522.xBenício, R. A., Provete, D. B., Lyra, M. L., Heino, J., Haddad, C. F. B., Rossa‐Feres, D. D. C., y Da Silva, F. R. (2021). Differential speciation rates, colonization time and niche conservatism affect community assembly across adjacent biogeographical regions. Journal of Biogeography, 48(9), 2211-2225. https://doi.org/10.1111/jbi.14145Blanco-Torres, A., Baruffol, M., Acosta Galvis, A., y Nuñez Otaño, N. (2019). Rasgos funcionales de anfibios de Colombia. Editorial Alexander von Humboldt.Blanco-Torres, A. y Bonilla Gómez, M. A. (2010). Partición de microhábitats entre especies de Bufonidae y Leiuperidae (Amphibia: Anura) en áreas con bosque seco tropical de la región Caribe-Colombia. Acta Biológica Colombiana 15:47-60.Bolochio, B. E., Lescano, J. N., Cordier, J. M., Loyola, R., y Nori, J. (2020). A functional perspective for global amphibian conservation. https://doi.org/10.1016/j.biocon.2020.108572 Biological Conservation, 245, 108572.Burbano Yandi, C. E., Gómez Díaz, M. A., Gómez Figueroa, A., Velásquez Trujillo, D. A. y Bolívar García, W. (2016). Ensamblaje de anfibios presentes en un bosque seco y en sistemas productivos, Valle Medio del Magdalena, Victoria y La Dorada, Caldas, Colombia. Revista de Ciencias 20:81-93.Bruening, S. 2002. Lithobates catesbeianus (On-line), https://animaldiversity.org/accounts/Lithobates_catesbeianus/ Animal Diversity Web.Cadotte, M. W., Carscadden, K., y Mirotchnick, N. (2011). Beyond species: Functional diversity and the maintenance of ecological processes and services. Journal of Applied Ecology, 48(5), Article 5. https://doi.org/10.1111/j.1365-2664.2011.02048.xCampos, F. S., Lourenço-De-Moraes, R., Rudoy, A., Rödder, D., Llorente, G. A. y Solé, M. (2019). Ecological trait evolution in amphibian phylogenetic relationships. Ethology Ecology & Evolution, 31(6), 526-543. https://doi.org/10.1080/03949370.2019.1630012Carson, W. P., y Schnitzer, S. A. (2008). Tropical forest community ecology. Wiley-Blackwell.Castaño-Quintero, S. M., Escobar-Luján, J., Villalobos, F., Ochoa-Ochoa, L. M., y Yáñez-Arenas, C. (2022). Amphibian Diversity of the Yucatan Peninsula: Representation in Protected Areas and Climate Change Impacts. Diversity, 14(10), 813. https://doi.org/10.3390/d14100813Castroviejo-Fisher, S., Ayarzagüena, J., y Vilà, C. (2007). A new species of Hyalinobatrachium (Centrolenidae: Anura) from Serranía de Perijá, Venezuela. Zootaxa 1441: 51–62.Cavender‐Bares, J., Kozak, K. H., Fine, P. V. A., y Kembel, S. W. (2009). The merging of community ecology and phylogenetic biology. https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2009.01314.x Ecology Letters, 12(7), 693-715.Chalcraft, D. R. y Resetarits, Jr., W. J. (2003). Predator identity and ecological impacts: functional redundancy. Ecology, 84, 2407–2418.Chao, A., y Jost, L. (2012). Coverage-based rarefaction and extrapolation: standardizing samples by completeness rather than size. Ecology. 93 (12): 2533-2547.CHEC Grupo EPM (2023). Informe de Sostenibilidad CHEC 2023: Agua y biodiversidad [PDF]. www.chec.com.coCHEC Grupo EPM (2024). Informe de Sostenibilidad CHEC 2024: Ambiental [PDF]. www.chec.com.coCollins, J. P., y Crump, M. L. (2009). Extinction in our times: Global amphibian decline. Oxford University Press.Cooper, N., Thomas, G. H., y FitzJohn, R. G. (2016). Shedding light on the ‘dark side’ of phylogenetic comparative methods. Methods in Ecology and Evolution, 7(6), Article 6. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12533Córdova-Tapia, F., y Zambrano, L. (2015). Functional diversity in community ecology. Ecosistemas, 24(3), 78-87. https://doi.org/10.7818/ECOS.2015.24-3.10Cortés-Gómez, A. M., Ramírez-Pinilla, M. P., y Urbina-Cardona, N. (2015a). Protocolo para la medición de rasgos funcionales en anfibios. En: Salgado Negret, B. (ed). La ecología funcional como aproximación al estudio, manejo y conservación de la biodiversidad: Protocolos y aplicaciones. Editorial Alexander von Humboldt.Cortés-Gomez, A. M., Ruiz-Agudelo, C. A., Valencia-Aguilar, A., y Ladle, R. J. (2015b). Ecological functions of neotropical amphibians and reptiles: A review. Universitas Scientiarum, 20(2), 229. https://doi.org/10.11144/Javeriana.SC20-2.efnaCrump, M. L. (2015). Anuran Reproductive Modes: Evolving Perspectives. Journal of Herpetology, 49(1), 1-16. https://doi.org/10.1670/14-097Cuatrecasas, J. (1958). Aspectos de la vegetación natural de Colombia. Revista de la Academia Colombiana de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. 10 (40): 107–140.Dalmolin, D. A., Tozetti, A. M., y Pereira, M. J. R. (2020). Turnover or intraspecific trait variation: Explaining functional variability in a neotropical anuran metacommunity. Aquatic Sciences, 82(3), 62. https://doi.org/10.1007/s00027-020-00736-wDehling, J. M., y Dehling, D. M. (2021). Conserving ecological functions of frog communities in Borneo requires diverse forest landscapes. Global Ecology and Conservation, 26, e01481. https://doi.org/10.1016/j.gecco.2021.e01481De Souza, A. M., y Eterovick, P. C. (2011). Environmental factors related to anuran assemblage composition, richness and distribution at four large rivers under varied impact levels in southeastern Brazil. River https://doi.org/10.1002/rra.1410 Research and Applications, 27(8), 1023-1036.De Vries, A. y Ripley, B.D. (2024). ggdendro: Create Dendrograms and Tree Diagrams Using 'ggplot2'. R package version 0.2.0Díaz, S., Lavorel, S., Chapin, F. S., Tecco, P. A., Gurvich, D. E., y Grigulis, K. (2007). Functional Diversity—At the Crossroads between Ecosystem Functioning and Environmental Filters. En J. G. Canadell, D. E. Pataki, y L. F. Pitelka (Eds.), Terrestrial Ecosystems in a Changing World (pp. 81-91). Springer Berlin Heidelberg. https://doi.org/10.1007/978-3-540-32730-1_7Díaz-García, J. M., Pineda, E., López-Barrera, F., y Moreno, C. E. (2017). Amphibian species and functional diversity as indicators of restoration success in tropical montane forest. Biodiversity and Conservation, 26(11), 2569-2589. https://doi.org/10.1007/s10531-017-1372-2Díaz-García, J. M., López-Barrera, F., Toledo-Aceves, T., Andresen, E., Moreno, C. E., y Pineda, E. (2022). Functional diversity and redundancy of amphibians, ants, and dung beetles in passive and active cloud forest restoration. https://doi.org/10.1016/j.ecoleng.2022.106806 Ecological Engineering, 185, 106806.Dolédec, S., Chessel, D., Ter Braak, C. J. F., y Champely, S. (1996). Matching species traits to environmental variables: A new three-table ordination method. Environmental and Ecological Statistics, 3(2), 143-166. https://doi.org/10.1007/BF02427859Dray, S., Choler, P., Dolédec, S., Peres-Neto, P. R., Thuiller, W., Pavoine, S., y Ter Braak, C. J. F. (2014). Combining the fourth‐corner and the RLQ methods for assessing trait responses to environmental variation. Ecology, 95(1), 14-21. https://doi.org/10.1890/13-0196.1Dray, S. y Dufour, A. (2007). The ade4 Package: Implementing the Duality Diagram for Ecologists. Journal of Statistical Software, 22(4), 1-20.Duarte-Ballesteros, L., Urbina-Cardona, N. y Saboyá-Acosta, L. (2021). Ensamblajes de anuros y su relación multiespacial con la heterogeneidad espacial en el Valle de los Frailejones del Parque Nacional Natural Chingaza. Caldasia, 43, 1. https:// dx.doi.org/10.15446/caldasia.v43n1.84860Duarte-Marin, S., González-Acosta, C., y Vargas-Salinas, F. (2018). Estructura y composición de ensamblajes de anfibios en tres tipos de hábitat en el Parque Nacional Natural Selva de Florencia, Cordillera Central de Colombia. Revista de la Academia Colombiana de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, 42(163), 227. https://doi.org/10.18257/raccefyn.631Duellman, W. E., y Trueb, L. (1994). Biology of amphibians. Johns Hopkins University Press.Edgar, R. C. (2004). MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Research 32: 1792–1797.Engel, T., Blowes, S. A., McGlinn, D. J., Gotelli, N. J., McGill, B. J., y Chase, J. M. (2022). How does variation in total and relative abundance contribute to gradients of species diversity? Ecology and Evolution, 12(8), e9196. https://doi.org/10.1002/ece3.9196Ernst, R., Keller, A., Landburg, G., Grafe, T. U., Linsenmair, K. E., Rödel, M., y Dziock, F. (2011). Common ancestry or environmental trait filters: Cross‐continental comparisons of trait–habitat relationships in tropical anuran amphibian assemblages. Global Ecology and Biogeography, 21(7), 704-715. https://doi.org/10.1111/j.1466-8238.2011.00719.xErnst, R., Linsenmair, K. E., y Rödel, M. O. (2006). Diversity erosion beyond the species level: Dramatic loss of functional diversity after selective logging in two tropical amphibian communities. Biological Conservation, 133(2), 143-155. https://doi.org/10.1016/j.biocon.2006.05.028Flynn, D. F. B., Mirotchnick, N., Jain, M., Palmer, M. I., y Naeem, S. (2011). Functional and phylogenetic diversity as predictors of biodiversity–ecosystem-function relationships. Ecology, 92(8), Article 8. https://doi.org/10.1890/10-1245.1Fox, J. y Weisberg, S. (2019). An R Companion to Applied Regression. Sage, Thousand Oaks CA, 3rd edition. URL http://z.umn.edu/carbook.Frost, D. R. (2024). Amphibian Species of the World: an Online Reference. Version 6.2 (May 30 of 2025). Electronic Database accessible at https://amphibiansoftheworld.amnh.org/index.php. American Museum of Natural History, New York, USA. doi.org/10.5531/db.vz.0001Fundación Proaves (2009). Modelamiento de indicadores para evaluar el cambio en la biodiversidad en el proyecto MDL forestal para la cuenca del río Chinchiná (PROCUENCA-FAO). Conservación Colombiana 9: 1-115.Galindo-Uribe, D. M., Hoyos-Hoyos, J. M., Isaacs-Cubides, P., Corral-Gómez, N., y Urbina-Cardona, N. (2022). Classification and sensitivity of taxonomic and functional diversity indices of anurans in the Andean coffee cultural landscape. Ecological Indicators, 136, 108650. https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2022.108650Gotelli, N. J., y Graves, G. R. (1996). Null Models in Ecology. Washington, D.C., EEUU: Smithsonian Institution Press.Guzmán D., Ruíz, J. F. y Cadena M. (2014). Regionalización de Colombia según la estacionalidad de la precipitación media mensual, a través análisis de componentes principales (acp). Subdirección de Meteorología IDEAM. Colombia. [Online]. Disponible en: https://tinyurl.com/33f2dwjzHackathon, R. C. S. B., Desper, R., y Paradis, E. (2021). phylobase: Base package for phylogenetic structures and comparative https://cran.r-project.org/package=phylobase data. R package version 0.8.10.Hernández‐Ordóñez, O., Santos, B. A., Pyron, R. A., Arroyo‐Rodríguez, V., Urbina-Cardona, J. N., Martínez‐Ramos, M., Parra‐Olea, G., y Reynoso, V. H. (2019). Species sorting and mass effect along forest succession: Evidence from taxonomic, functional, and phylogenetic diversity of amphibian communities. Ecology and Evolution, 1-13. https://doi.org/10.1002/ece3.5110Hoang, D.T., Chernomor, O., von Haeseler, A., Minh, B.Q. y Vinh, L.S. (2018) UFBoot2: Improving the ultrafast bootstrap approximation. Molecular Biology and Evolution, 35 (2), 518–522.Holdridge, L. R. (1966). The life zone system. Adansonia, 6 (2): 199–203.Hsieh, T. C., Ma, K., y Chao, A. (2016). iNEXT: An R package for rarefaction and extrapolation of species diversity (Hill numbers). Methods in Ecology and Evolution. 7: 1451–1456Jiménez-Vargas, G. M., Atehortua-Vallejo, M. A., Arcila-Pérez, L. F., Carvajal-Castro, J. D., y Vargas-Salinas, F. (2021). Does abiotic noise promote segregation of functional diversity in Neotropical anuran assemblages? Biological Journal of the Linnean Society, 132(4), 847-860. https://doi.org/10.1093/biolinnean/blaa232Jin, Y., y Qian, H. (2019). V.PhyloMaker: An R package that can generate very large phylogenies for vascular plants. Ecography, 42(8), 1353-1359. https://doi.org/10.1111/ecog.04434Jombart, T., Balloux, F. y Dray, S. (2010a). “adephylo: new tools for investigating the phylogenetic signal in biological traits.” Bioinformatics, 26, 1907-1909.Jombart, T., Pavoine, S., Devillard, S. y Pontier, D. (2010b). Putting phylogeny into the analysis of biological traits: A methodological approach. Journal of Theoretical Biology, 264, 693–701.Jost, L. (2006). Entropy and diversity. Oikos, 113(2), 363–375.Kanowski, J. J., Reis, T. M., Catterall, C. P., y Piper, S. D. (2006). Factors Affecting the Use of Reforested Sites by Reptiles in Cleared Rainforest Landscapes in Tropical and Subtropical Australia. Restoration Ecology, 14(1), 67-76. https://doi.org/10.1111/j.1526-100X.2006.00106.xKassambara, A. y Mundt, F. (2020). factoextra: Extract and Visualize the Results of Multivariate Data Analyses. R package version 1.0.7Keck, F., Rimet, F., Bouchez, A. y Franc, A. (2016). phylosignal: an R package to measure, test, and explore the phylogenetic signal. Ecology and Evolution, 6(9), 2774-2780.Laliberté, E., y Legendre, P. (2010). A distance-based framework for measuring functional diversity from multiple traits. Ecology, 91(1), 299–305. https://doi.org/10.1890/08-2244.1Laliberté, E., Legendre, P. y Shipley, B. (2014). FD: measuring functional diversity from multiple traits, and other tools for functional ecology. R package version 1.0-12.3.Lauder, G. V. (1981). Form and function: Structural analysis in evolutionary morphology. Paleobiology, 7(4), Article 4. https://doi.org/10.1017/S0094837300025495Lavorel, S., Grigulis, K., Lamarque, P., Colace, M.-P., Garden, D., Gire, J., Pellet, G., y Douzet, R. (2008). Assessing functional diversity in the field – Methodology matters!. Functional Ecology, 22(1), 134–147. https://doi.org/10.1111/j.1365-2435.2007.01339.xLegendre, P., y Fortin, M. (2010). Comparison of the Mantel test and alternative approaches for detecting complex multivariate relationships in the spatial analysis of genetic data. Molecular Ecology Resources, 10(5), 831-844. https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2010.02866.xLegendre, P., y Legendre, L. (Eds.). (1998). Numerical ecology (2nd English ed). Elsevier.Lin, X., Shih, C., Hou, Y., Shu, X., Zhang, M., Hu, J., Jiang, J., y Xie, F. (2021). Climatic‐niche evolution with key morphological innovations across clades within Scutiger boulengeri (Anura: Megophryidae). Ecology and Evolution, 11(15), Article 15. https://doi.org/10.1002/ece3.7838Lips K. R., Reaser J. K., Young B. E. y Ibáñez R. (2001) Amphibian monitoring in Latin America: a protocol manual: society for the study of amphibians and reptiles. Herpetological Circular 30:1–115López‐Bedoya, P. A., Cardona‐Galvis, E. A., Urbina‐Cardona, J. N., Edwards, F. A. y Edwards, D. P. (2022). Impacts of pastures and forestry plantations on herpetofauna: a global meta‐analysis. Journal of Applied Ecology 59:3038-3048.Maddison, W. P. y Maddison D. R. (2010). Mesquite: a modular system for evolutionary analysis, Version 2.73.Maechler, M., Rousseeuw, P., Struyf, A., Hubert, M. y Hornik, K. (2025). cluster: Cluster Analysis Basics and Extensions. R package version 2.1.8.1.Magurran, A. E. (1988). Ecological diversity and its measurement. C. Helm (Ed.). New Jersey, EE.UU.: Princeton University Press.Mason, N., Mouillot, D., Lee, W., y Wilson, J. (2005). Functional richness, functional evenness and functional divergence: The primary components of functional diversity. Oikos. 111: 112–118.Mason, N. W. H., y De Bello, F. (2013). Functional diversity: A tool for answering challenging ecological questions. Journal of Vegetation Science, 24(5), 777-780. https://doi.org/10.1111/jvs.12097Moreno, S. E. (2008). Plasticidades ontogénicas en la dieta de los anuros (Amphibia) colectados en la cuenca del Río la Vieja en el Departamento del Quindío. [Tesis de pregrado, Universidad Javeriana]. Recuperado de: http://hdl.handle.net/10554/55219Moreno, C. E., Barragán, F., Pineda, E., y Pavón, N. P. (2011). Reanálisis de la diversidad alfa: Alternativas para interpretar y comparar información sobre comunidades ecológicas. Revista Mexicana de Biodiversidad. 82(4): 1249–1261.Mouillot, D., Villéger, S., S., S., Scherer-Lorenzen, M., y Mason, N. W. H. (2011). Functional Structure of Biological Communities Predicts Ecosystem Multifunctionality. PLoS ONE, 6(3), Article 3. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0017476Mouchet, M., Guilhaumon, F., Villéger, S., Mason, N., Tomasini, J., y Mouillot, D. (2008). Towards a consensus for calculating dendrogram-based functional diversity indices. Oikos. 117: 794–800.Munro, N. T., Lindenmayer, D. B., y Fischer, J. (2007). Faunal response to revegetation in agricultural areas of Australia: A review. Ecological Management & Restoration, 8(3), 199-207. https://doi.org/10.1111/j.1442-8903.2007.00368.xOksanen, J., Blanchet, F. G., Friendly, M., Kindt, R., Legendre, P., McGlinn, D., Minchin, P. R., O'Hara, R. B., Simpson, G. L., Solymos, P., Stevens, M. H. H., Szoecs, E., y Wagner, H. (2024). vegan: Community Ecology Package. https://CRAN.R-project.org/package=vegan R package version 2.6-6.Oliveira, B. F., São-Pedro, V. A., Santos-Barrera, G., Penone, C., y Costa, G. C. (2017). AmphiBIO, a global database for amphibian ecological traits. Scientific Data, 4(1), Article 1. https://doi.org/10.1038/sdata.2017.123Ortega-Álvarez, R., Lindig-Cisneros, R., MacGregor-Fors, I., Renton, K., y Schondube, J. E. (2013). Avian community responses to restoration efforts in a complex volcanic landscape. Ecological Engineering, 53, 275-283. https://doi.org/10.1016/j.ecoleng.2012.12.058Ortiz-Yusty, C. E., Páez, V., y Zapata, F. A. (2013). Temperatura y precipitación como elementos de predicción de la riqueza de especies de anfibios del norte de los Andes en Colombia. Caldasia, 35(1), 65-80.Paradis, E. y Schliep, K. (2019). Ape 5.0: an environment for modern phylogenetics and evolutionary analyses in R. Bioinformatics, 35, 526-528.Pavoine, S., Ollier, S., Pontier, D. y Chessel, D. (2008). Testing for phylogenetic signal in life history variables: Abouheif’s test revisited. Theoretical Population Biology, 73, 79–91.Pennell, M. W., y Harmon, L. J. (2013). An integrative view of phylogenetic comparative methods: Connections to population genetics, community ecology, and paleobiology. Annals of the New York Academy of Sciences, 1289(1), Article 1. https://doi.org/10.1111/nyas.12157Petchey, O. L., y Gaston, K. J. (2006). Functional diversity: Back to basics and looking forward. Ecology Letters, 9(6), 741-758. https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2006.00924.xPla, L., Casanoves, F., y Rienzo, J. A. D. (2011). Cuantificación de la diversidad funcional. En Casanoves, F., Pla, L., y Di Rienzo, J. (Eds.). Valoración y análisis de la diversidad funcional y su relación con los servicios ecosistémicos, (pp. 33-44). Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza.Portik, D. M., Streicher, J. W., y Wiens, J. J. (2023). Frog phylogeny: A time-calibrated, species-level tree based on hundreds of loci and 5,242 species. Molecular Phylogenetics and Evolution, 188, 107907. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2023.107907Pough, F. H. (2016). Herpetology (Fourth edition). Sinauer Associates, Inc., Publishers.Pramuk J. B., Robertson T., Sites J. W. y Noonan B. P. (2008). Around the world in 10 million years: biogeography of the nearly cosmopolitan true toads (Anura: Bufonidae). Global Ecology Biogeography 17: 72–83.Rambaut, A. (2010) FigTree v1.3.1. Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh, Edinburgh. http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/. Acceso el 30 de marzo del 2025.Ramírez-Chaves H. E., Cardona Galvis E. A., Henao-Osorio J. J., Cardona-Giraldo A., Caicedo-Martínez S., Arias-Monsalve H. F. y Rojas-Morales J. A. (2022). Anfibios (Amphibia) del departamento de Caldas, Colombia. v1.0. https://doi.org/10.15472/jgfmdo Universidad de Caldas. Dataset/Checklist.R Core Team (2024). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria.Ribeiro, J., Colli, G. R., Batista, R., y Soares, A. (2017). Landscape and local correlates with anuran taxonomic, functional and phylogenetic diversity in rice crops. Landscape Ecology, 32(8), 1599-1612. https://doi.org/10.1007/s10980-017-0525-8Robinson, W. D., y Robinson, S. K. (1999). Effects of Selective Logging on Forest Bird Populations in a Fragmented Landscape. Conservation https://doi.org/10.1046/j.1523-1739.1999.97226.x Biology, 13(1), 58-66.Rojas-Morales, J. A., Arias-Monsalve, H. F., y González-Durán, G. A. (2014). Anfibios y reptiles de la región centro-sur del departamento de Caldas, Colombia. Biota Colombiana, 15(1), 73-93. https://www.redalyc.org/articulo.oa?id=49140738005Rojas‐Cortés, Á. P., Gasca‐Pineda, J., González‐Rodríguez, A., y Ibarra‐Manríquez, G. (2024). Genomic diversity and structure of a Neotropical microendemic fig tree. Ecology and Evolution, 14(3), e11178. https://doi.org/10.1002/ece3.11178Román-Palacios, C., Fernández Garzón, S., Hernández, M., Ishida Castañeda, J., Gallo Franco, J. J., Bolívar García, W., y Giraldo, A. (2016). Uso de microhábitat por anuros en un fragmento de bosque seco intervenido del Magdalena medio, Guarinocito, Caldas. Boletín Científico Centro de Museos Museo de Historia Natural, 20(2), 181-196. https://doi.org/10.17151/bccm.2016.20.2.14Ruiz‐Jaen, M. C., y Aide, M. T. (2005). Restoration Success: How Is It Being Measured? Restoration Ecology, 13(3), 569-577. https://doi.org/10.1111/j.1526-100X.2005.00072.xSahlsten, J., Wickström, F., y Höglund, J. (2010). Hazel grouse Bonasa bonasia population dynamics in a fragmented landscape: A metapopulation approach. Wildlife Biology, 16(1), 35-46. https://doi.org/10.2981/07-086Salgado-Negret, B. y Paz, H. (2016). Escalando de los rasgos funcionales a procesos poblacionales, comunitarios y ecosistémicos. En: Salgado Negret, B. (ed). La ecología funcional como aproximación al estudio, manejo y conservación de la biodiversidad: Protocolos y aplicaciones. Editorial Alexander von Humboldt.Sanin, D., Sierra-Giraldo, J. A., Posada-Herrera, J. M. y Ramírez-G., J. (2014). Inventario florístico de los bosques de La Esmeralda, margen del río Cauca (Chinchiná, Caldas, Colombia). Boletín Científico del Museo de Historia Natural de la Universidad de Caldas, 18 (1): 17-45. http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0123-30682014000100002Sarkar, D. (2008). Lattice: Multivariate Data Visualization with R. Springer, New York. ISBN 978-0-387-75968-5, http://lmdvr.r-forge.r-project.org.Schoch, R. R. (2014). Amphibian Evolution: The Life of Early Land Vertebrates. WILEY BlackwellSchulze, M. D., Seavy, N. E., y Whitacre, D. F. (2000). A Comparison of the Phyllostomid Bat Assemblages in Undisturbed Neotropical Forest and in Forest Fragments of a Slash‐and‐Burn Farming Mosaic in Petén, Guatemala https://doi.org/10.1111/j.1744-7429.2000.tb00459.x 1. Biotropica, 32(1), 174-184.Shaw, G. (1802). General Zoology or Systematic Natural History. Volume III, Part 1. Amphibia. London: Thomas Davison.Silvera Chimá, E. D. C., Acuña Vargas, J. C. y Urbina-Cardona, N. (2024). Efecto de borde sobre anuros del bosque seco tropical, potreros y plantaciones de palma de aceite, y su relación con variables ambientales en el caribe colombiano. Revista Latinoamericana de Herpetología, 7(1). https://doi.org/10.22201/fc.25942158e.2024.1.584Simon, M. N., Ribeiro, P. L. y Navas, C. A. (2015). Upper thermal tolerance plasticity in tropical amphibian species from contrasting habitats: implications for warming impact prediction. Journal of Thermal Biology 48:36-44.Slowikowski, K. (2024). ggrepel: Automatically Position Non-Overlapping Text Labels with 'ggplot2'. R package version 0.9.5. https://CRAN.R-project.org/package=ggrepelSmith, G. C., Lewis, T., y Hogan, L. D. (2015). Fauna community trends during early restoration of alluvial open forest/woodland ecosystems on former agricultural land. Restoration Ecology, 23(6), 787-799. https://doi.org/10.1111/rec.12269Smith, S. A. y O’Meara, B. C. (2012). treePL: divergence time estimation using penalized likelihood for large phylogenies. Bioinformatics 28, 2689–2690Stamatakis, A. (2014). RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies. Bioinformatics 30, 1312–1313Tal, G. (2015). Dendextend: an R package for visualizing, adjusting, and comparing trees of hierarchical clustering. Bioinformatics.Tamura, K., Stecher, G., y Kumar, S. (2021). MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 11. Molecular Biology and Evolution 38:3022-3027Tardanico, J., y Hovestadt, T. (2023). Effects of compositional heterogeneity and spatial autocorrelation on richness and diversity in simulated landscapes. Ecology and Evolution, 13(12), e10810. https://doi.org/10.1002/ece3.10810Tilman, D. (2001). Functional diversity. En Encyclopedia of Biodiversity (pp. 109-120). Elsevier. https://doi.org/10.1016/B0-12-226865-2/00132-2Tilman, D., Isbell, F. y Cowles, J. M. (2014). Biodiversity and Ecosystem Functioning. Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics, https://doi.org/10.1146/annurev-ecolsys-120213-091917 45(1), 471-493.Trifinopoulos, J., Nguyen, L.M., Haeseler, A.V. y Minh, B.Q. (2016) W-IQ-Tree: a fast online phylogenetic tool for maximum likelihood analysis. Nucleic Acids Research, 44 (1), 232–235.Trimble, M. J., y Van Aarde, R. J. (2014). Amphibian and reptile communities and functional groups over a land‐use gradient in a coastal tropical forest landscape of high richness and endemicity. Animal Conservation, 17(5), 441-453. https://doi.org/10.1111/acv.12111Urbina-Cardona, J. N., Olivares-Pérez, M. y Reynoso, V. H. (2006). Herpetofauna diversity and microenvironment correlates across a pasture edge interior ecotone in tropical rainforest fragments in the Los Tuxtlas Biosphere Reserve of Veracruz, Mexico. Biological Conservation 132:61-75.Urbina-Cardona, J. N., Navas, C. A., González, I., Gómez Martínez, M. J., Llano-Mejía, J., Medina-Rangel, G. F. y Blanco, A. (2014). Determinantes de la distribución de los anfibios en el bosque seco tropical de Colombia: herramientas para su conservación. pp. 163-189. En Pizano, C. y H. García (Eds.), El Bosque Seco Tropical en Colombia: Biodiversidad Asociada al Bosque Seco. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (IAvH). Bogotá D.C., Colombia.Urbina-Cardona, J. N., Nori, J., y Castro, F. (2011). Áreas vulnerables a la invasión actual y futura de la rana toro (Lithobates catesbeianus: Ranidae) en Colombia: estrategias propuestas para su manejo y control. Biota Colombiana, https://revistas.humboldt.org.co/index.php/biota/article/view/249 12(2).Urbina-Cardona, N., Castro, E. A. B., Giraldo-Echeverry, N., y Echeverry-Alcendra, A. (2015). El monitoreo de herpetofauna en los procesos de restauración ecológica: Indicadores y métodos. pp. 134-147. En Aguilar-Garavito, M. y Ramírez, W. (Eds.). Monitoreo a procesos de restauración ecológica aplicado a ecosistemas terrestres. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (IAvH). Bogotá D.C., Colombia.Vargas-Salinas, F., Muñoz-Avila, J. A., y Morales-Puentes, M. E. (2019). Biología de los anfibios y reptiles en el bosque seco tropical del norte de Colombia. Editorial UPTC.Vikrant, A., Pettersson, S., y Nilsson Jacobi, M. (2022). Spatial coherence and the persistence of high diversity in spatially heterogeneous landscapes. Ecology and Evolution, 12(6), e9004. https://doi.org/10.1002/ece3.9004Villéger, S., Mason, N., y Mouillot, D. (2008). New multidimensional functional diversity indices for a multifaced framework in functional ecology. Ecology. 89: 2290–2301.Villéger, S., Ramos-Miranda, J., Flores-Hernandez, D., y Mouillot, D. (2010). Contrasting changes in taxonomic vs. functional diversity of tropical fish communities after habitat degradation. Ecological Applications. (20): 1512–1522.Violle, C., Navas, M., Vile, D., Kazakou, E., Fortunel, C., Hummel, I., y Garnier, E. (2007). Let the concept of trait be functional! https://doi.org/10.1111/j.0030-1299.2007.15559.x Oikos, 116(5), 882-892.Vitt, L. J., y Caldwell, J. P. (2014). Herpetology: An introductory biology of amphibians and reptiles (Fourth edition). Elsevier, AP, Academic Press is an imprint of Elsevier.Wang, Y., Naumann, U., Eddelbuettel, D., Wilshire, J. y Warton, D. (2022). mvabund: Statistical Methods for Analysing Multivariate Abundance Data. R package version 4.2.1, https://CRAN.R-project.org/package=mvabund.Webb, C. O., Ackerly, D. D., McPeek, M. A., y Donoghue, M. J. (2002). Phylogenies and Community Ecology. Annual Review of Ecology and https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.33.010802.150448 Systematics, 33(1), 475-505.Weiher, E., y Keddy, P. (1999). Ecological assembly rules: Perspectives, advances, retreats. Cambridge University Press. Cambridge.Wells, K. D. (2007). The Ecology and Behavior of Amphibians. The University of Chicago Press.Wickham, H., Averick, M., Bryan, J., Chang, W., McGowan, L. D., François, R., Grolemund, G., Hayes, A., Henry, L., Hester, J., Kuhn, M., Pedersen, T. L., Miller, E., Bache, S. M., Müller, K., Ooms, J., Robinson, D., Seidel, D. P., Spinu, V., … Yutani, H. (2019). Welcome to the tidyverse. Journal of Open Source Software, 4(43), 1686. https://doi.org/10.21105/joss.01686Wickham, H. (2016). ggplot2: Elegant graphics for data analysis. New York: Springer-Verlag. Disponible en: https://ggplot2. tidyverse.orgWickham, H., François, R., Henry, L., y Müller, K. (2023). dyplr: A grammar of data manipulation version 1.1.4. https://CRAN.R-project.org/package=dplyrZabala-Forero, F., y Urbina-Cardona, N. (2021). Respuestas de la diversidad taxonómica y funcional a la transformación del paisaje: Relación de los ensamblajes de anfibios con cambios en el uso y cobertura del suelo. Revista Mexicana https://doi.org/10.22201/ib.20078706e.2021.92.3443 de Biodiversidad, 92(0), 923443.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/Atribución 4.0 Internacional (CC BY 4.0)http://purl.org/coar/access_right/c_abf2oai:repositorio.ucaldas.edu.co:ucaldas/223822025-06-12T08:02:21Z |