Construcción de un mapa genético para una variedad comercial de caña de azúcar (Saccharum spp.) (2021)
Un mapa genético está compuesto por marcadores moleculares que están separados por distancias genéticas relativas debido a los cruces entre individuos. Los mapas genéticos son usados en el ensamblaje de genomas complejos como los híbridos de la caña de azúcar (Saccharum spp.) porque son genomas altamente heterocigotos, autopoliploides y aneuploides. Para la variedad de caña CC01-1940 se han generado unas secuencias largas llamadas scaffolds y el mapa genético servirá como anclaje de los scaffolds para llegar al nivel de grupos de ligamiento o cromosomas. En este trabajo se muestra la construcción de tres mapas genéticos usando diferentes estrategias a partir de secuenciación de alto rendimiento de una población F1 biparental, resultado del cruce entre las variedades de caña de azúcar CC 01-746 y CC 01-1940. De la progenie fueron secuenciados el genoma completo (WGS) de 93 individuos más ambos padres. Este conjunto de lecturas por individuo fueron alineadas a los scaffolds con resultados superiores al 85 %. Los alineamientos fueron usados parala detección de variantes y selección de marcadores moleculares SNPs de calidad suficiente para construir los mapas. Un total de 3,739 loci, 4,096 loci y 7,816 loci fueron obtenidos respectivamente para cada estrategia de llamado de SNPs. La estrategia A arrojó un tamaño del mapa de 9,679.50 cM con una densidad promedio de 6.05 cM/loci; la estrategia B resultó en un mapa de 1,191.30 cM con una densidad promedio de 1.96 cM/loci; y la estrategia C generó un mapa de 1,198.74 cM con una densidad promedio de 2.19 cM/loci. Esta es la primera vez que CENICANA construye mapas ˜genéticos a partir de datos de secuenciación masiva, lo que significa un pipeline importante para avanzar en el ensamblaje del genoma que esta en construcción y para trabajos futuros de asociación genotipo-fenotipo. Los tres mapas genéticos construidos tienen el potencial de ensamblar grupos de ligamiento a partir de los scaffolds de la variedad. Esta metodología contribuye significativamente a la plataforma de mejoramiento asistida por marcadores moleculares de CENICAÑA.