Caracterización y evaluación de la concatenación de secuencias génicas implementadas en inferencia filogenética basada en distancias (2015)
Estudios de filogenia molecular en especies del género Fusarium han adquirido importancia en los últimos años debido a que han aportado nuevos conocimientos hasta el punto de arrojar evidencias de posibles nuevas especies. Uno de los métodos más ampliamente utilizados para el desarrollo de estos estudios es la implementación del algoritmo Neighbor-joining debido a que requiere bajos costos computacionales para su ejecución. Estudios realizados en el laboratorio de Fitopatología Molecular de la Universidad Militar Nueva Granada demostraron que al permutar una concatenación de secuencias para el desarrollo de árboles filogenéticos basados en este algoritmo su topología final cambiaba. Por tal motivo el propósito de este estudio fue determinar las causas asociadas a este fenómeno, puesto que la permutación de secuencias no debe ser un motivo para el origen de topologías múltiples. Para ello se escogieron 5 secuencias pertenecientes a los genes de Beta-tubulina, Calmodulina, Factor de Elongación, Histona 3 y la subunidad 18S ribosomal, dichas secuencias fueron extraídas de la base de datos del GenBank para 12 especies del género Fusarium. A partir de los alineamientos se generaron tres tipos de secuencias: 1) secuencias con los indels completos, 2) secuencias con los indels eliminados y 3) secuencias editadas en el servidor GBlocks. Los árboles obtenidos y analizados sugieren que la causa principal de la obtención de diferentes topologías es debido al cambio de la información biológica dado en cada pseudoreplica del Bootstrap y un segundo motivo subyacente es la implementación del modelo evolutivo en cada repetición del método de soporte de ramas. Adicionalmente la presencia de indels puede generar árboles filogenéticos mejor soportados que aquellas secuencias donde dichas posiciones fueron eliminadas y ademas sugieren que el uso de secuencias editadas por medio del servidor GBlocks no son recomendables para la construcción de arboles filogenéticos usando el algoritmo Neighbor-joining.