Perfil biomolecular de aislamientos SARM con resistencia heterogénea a vancomicina (hVISA) de circulación en Latinoamérica (2021)
Vancomicina es la principal opción terapéutica para tratar infecciones severas por Staphylococcus aureus resistente a meticilina, por lo tanto, la emergencia de aislamientos con resistencia intermedia heterogénea a vancomicina (hVISA) pone en riesgo la efectividad de antibiótico ocasionando un aumento en las fallas terapéuticas y estancias hospitalarias. Este fenotipo no se identifica de forma rutinaria por medio de las metodologías estándar de susceptibilidad, en donde hacen parte de los aislamientos susceptibles a la vancomicina y por lo cual su identificación se realiza empleando metodologías dispendiosas no que no se realizan en laboratorios clínicos de diagnóstico. Adicionalmente, el mecanismo de resistencia hVISA involucra cambios genéticos y fisiológicos que afectan el metabolismo celular originando alteraciones principalmente en la envoltura celular. Desafortunadamente, a pesar de que la identificación y la caracterización de cepas hVISA han revelado varias alteraciones genéticas potencialmente asociadas al desarrollo del fenotipo, estas no han sido consistentes en todos los aislamientos con este fenotipo y, por tanto, no han permitido esclarecer el mecanismo molecular. Por otro lado, la epidemiologia de las infecciones por SARM es dinámica a nivel mundial; se ha caracterizado por la emergencia y evolución de clones que se establecen en países o regiones específicas. Por esta razón, este trabajo identificar el perfil biomolecular de los aislamientos SARM con fenotipo hVISA que causan infecciones en pacientes en Latinoamérica, por medio de la integración de características genómicas, transcriptómicas y metabolómicas. A partir de 538 aislamientos SARM, se identificaron 30(5.6%) aislamientos con el fenotipo hVISA por métodos basados en E-test, pertenecientes en su mayoría al clon Chileno/Cordobés ST5, sin embargo, de estos, solo 3(0.56%) fueron confirmados mediante perfil de análisis poblacional/área bajo la curva (PAP/AUC). El genoma de estos aislamientos se analizó empleando la búsqueda de cambios puntuales reportados en la literatura asociados al fenotipo, detección de cambios genéticos que discriminen entre hVISA y VSSA por medio de análisis GWAS (Genome-wide association studies) y discriminante lineal (LDA). De igual manera se caracterizó el transcriptoma y metaboloma de hVISA confirmados por PAP/AUC con el propósito de identificar los procesos fisiológicos alterados. A nivel genómico se identificaron tres cambios predominantes (90% de los hVISA) asociados a sistemas reguladores (VraT-E156G y WalK-L14I) y a la autolisina Atl-Y38H; mientras que por el análisis de GWAS y LDA se identificaron 11 cambios comunes asociados a virulencia (adhesina SdrC,D), transportadores de membrana, metabolismo de carbohidratos y aminoácidos. Algunos de estos hallazgos se correlacionaron con los hallazgos transcripcionales identificados como sobrexpresión en sdrD y lacE y específicamente en los hVISA-ST5 como sobreexpresión en la capsula y sistema de secreción Ess. Otro hallazgo muy interesante fue la sobrexpresión de cidA que está involucrado en al ciclo de ácido tricarboxilico en cual se encuentra alterado en los aislamientos hVISA que conlleva a una reducción de síntesis de aminoácidos (valina, leucina y treonina) y nucleósidos. Estos resultados ponen en evidencia la detección y caracterización del fenotipo hVISA en la región y que, los cambios adaptativos presentes en los hVISA parecen ser conservados entre linajes como el ST5, los cuales afectan principalmente sistemas reguladores, autolisinas y factores de virulencia.