Microbiota de la leche cruda de bovinos infectados con mastitis subclínica analizados mediante secuenciación del gen 16S rRNA (2019)
La metagenómica del gen 16S rRNA se ha convertido en una herramienta eficiente para caracterizar las comunidades bacterianas de la leche cruda infectada por mastitis bovina dado que las técnicas dependientes de cultivo no permiten recuperar todos los microorganismos causantes de la enfermedad. En esta investigación se usó la secuenciación de próxima generación (NGS) Illumina MiSeq de la región hipervariable V4 del gen 16S rRNA para identificar la composición bacteriana de la leche cruda de bovinos infectados con mastitis subclínica. El estudio se desarrolló en el departamento del Valle del Cauca y las muestras se tomaron en tres hatos con diferentes niveles tecnológicos. El análisis bioinformático se desarrolló con el software Mothur V1.35.1 usando la base de datos SILVA como referencia, se alinearon 5.318.994 secuencias con longitud media de 272 pb, se obtuvieron 1.975.322 secuencias únicas y finalmente se obtuvieron los filotipos asignados a nivel género. Los perfiles filogenéticos revelaron que independiente del nivel tecnológico los cuatro filos dominantes fueron: Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria y Bacteroidetes. Se detectaron alrededor de 394 géneros con abundancia variable donde Pseudomonas y Acinetobacter fueron los géneros predominantes en hatos de nivel tecnológico alto y medio, contrario a esto en el hato de nivel tecnológico bajo predominó el género Staphylococcus. El microbioma central mostró que los taxones bacterianos compartidos por todas las muestras fueron en orden descendente: Acinetobacter, Pseudomonas, Staphylococcus, Streptococcus, Delftia, Stenotrophomonas. También se identificaron microorganismos patogénicos importantes como el género Escherichia-Shigella. Esta investigación permitió identificar y comparar en las muestras de leche bacterias patógenas asociados a la mastitis subclínica. Los hallazgos de este estudio pueden ayudar a formular estrategias para la prevención y el tratamiento de la mastitis pues se identificó de manera precisa las bacterias causales de la enfermedad y por consiguiente reducir las pérdidas económicas que incurren por ello.