Sistema de gestión de información de genomas completos de cepas de Acinetobacter baumannii para la identificación, tipificación y seguimiento de resistencia a antibióticos (2018)
La resistencia a antibióticos presente en las bacterias es un tema de interés mundial. Por tal razón, la World Health Organization (WHO) exige a sus países miembro, realizar un seguimiento de los casos donde se presente dicha resistencia bacteriana. Los procesos de seguimiento actuales, se basan en características fenotípicas y microbiológicas. Y si bien dichos procesos han demostrado cumplir con la directriz de la OMS, tienen ciertas limitaciones asociadas a la especificidad del diagnóstico, al tiempo prolongado de los análisis, a la dificultad de generar información de valor de manera eficiente, tomando como insumo los datos generados por las entidades alimentadoras de los sistemas de seguimiento, entre otros. El presente trabajo tuvo como propósito, construir un sistema bioinformático que permite realizar identificación, tipificación y seguimiento de la resistencia antibióticos presente en cepas de Acinetobacter baumannii suministradas por el INS, partiendo de genomas completos. De esta forma se buscó utilizar la información del genoma completo de una bacteria para mejorar su seguimiento epidemiológico, en especial en lo que tiene que ver con la variación de su resistencia a antibióticos. Como metodología, se definieron los requerimientos del sistema bioinformático con base en la información de secuenciación de alto rendimiento que se requería manejar, los sistemas de seguimiento de resistencia a antibióticos (WHONET, IAAS y SVIGILA), entre otros. Así mismo se diseñó un modelo relacional para la base de datos del sistema y se diseñaron los wireframes de la interfaz gráfica. Se inició la construcción del sistema, con el framework Groovy and Grails v3.1.9. El backend del sistema consume servicios construidos con Biopython v1.70 y BioPerl v5.8, la base de datos se implementó en MySQL v5.6.30, en cuanto a validación se han ejecutado pruebas funcionales y no funcionales, entre ellas (carga, estrés, usabilidad).