Análisis genómico y funcional del infectoma de una cepa multirresistente de acinetobacter baumannii, aislada de un hospital de Bogotá-Colombia (2014)
La especie de Acinetobacter baumannii se ha convertido en un patógeno oportunista difícil de tratar a nivel clínico, debido a la resistencia que ha adquirido a varios tipos de antibióticos y a la presencia de factores de virulencia que le permiten causar infecciones nosocomiales, especialmente en pacientes que se encuentran en unidades de cuidados intensivos. Esta investigación se centró en la identificación de genes codificantes de factores asociados a la virulencia, en el genoma de la cepa A. baumannii 107m multirresistente, aislada de un hospital de Bogotá, que se encuentra conservada en el cepario del Instituto de Biotecnología (IBUN) de la Universidad Nacional de Colombia y en el estudio de proteínas de membrana externa, asociadas con los factores de virulencia de esta bacteria. Para cumplir con estos objetivos, se realizó el aislamiento del ADN, secuenciación de alto rendimiento por Illumina (HiSeq 2000) finales pareados y pirosecuenciación 454 mate pair; ensamblaje del genoma con la herramienta BWA 0.6.1 y de Novo como Velvet 1.2.07 y Newbler 2.7 (©Roche Diagnostics Corporation). La anotación del genoma se realizó utilizando NCBI´s Prokaryotic Genome Anotation Pipeline (PGAAP) y la verificación manual en el Centro de Bioinformática del IBUN. Con el propósito de evidenciar la expresión de algunos genes, asociados a virulencia, presentes en membrana externa, se procedió al aislamiento de las proteínas de membrana y su análisis por electroforesis bidimensional. Se seleccionaron algunos “spots” que presentaban expresión diferencial comparada con A. baumannii ATCC 19606, los cuales fueron identificados por espectrometría de masas (MALDI TOF-TOF). Los resultados obtenidos del estudio genómico llevaron a la identificación de 113 genes, dentro de los cuales se destacan grupos de genes que codifican para proteínas que contribuyen en la adhesión (csu, pap y pil); a la biosíntesis de sideróforos (bas, bau, bar) y a la invasión (Omp38, plc). Los resultados proteómicos permitieron la identificación de proteínas de membrana externa asociadas a la virulencia, dentro de las que se destacan receptores de hierro (TonB); una proteína asociada a apoptosis celular (Omp38) y proteínas (OmpW) implicadas en la defensa de la bacteria. Los resultados genómicos y proteómicos llevan a concluir que la cepa A. baumannii 107m multirresistente contiene algunos genes que hacen que se considere una bacteria virulenta. Sin embargo, se requieren más estudios experimentales que comprueben la patogenicidad de esta bacteria.