Analisis de genotipificación por secuencia (gbs) en una población de Solanum tuberosum grupo phureja (variedad criolla colombiana) (2024)
La presente investigación se realizó un análisis de genotipificación por secuencia de 6 accesiones de Solanum tuberosum gurpo phureja con el fin de identificar polimorfismos de nucleótido único (SNP) de nucleótido cerca de regiones codificantes y cerca a regiones de interés, para lo cual se realizó un protocolo para un estudio GWAS usando datos GBS, que consistió en un alineamiento de las secuencias con el genoma de referencia actualizado DM_1 3_516_R44_potato_genome_assembly.v6.1, llamado de variantes, genotipado y anotación funcional de variantes con NGSEPcore, para generar la matriz se planeó utilizar vcftools y PLINK para finalmente realizar el análisis de asociación genética con la herramienta de Rstudio GAPIT usando el modelo lineal mixto para evitar falsos positivos. Los resultados muestran una limitación en el proceso de anotación funcional de variantes, limitación atribuida principalmente al archivo de anotación con los modelos genéticos para Solanum tuberosum grupo phureja y a la naturaleza de los datos y su calidad previa al momento de la secuenciación.