Caracterización molecular de profagos en genomas de Streptococcus spp (2020)
RESUMEN: El objetivo del estudio consistió en evaluar la diversidad genética in silico de bacteriófagos atemperados en genomas de Streptococcus spp, determinar la presencia de factores de virulencia y genes de resistencia a antibióticos dados por estos y finalmente evaluar la asociación entre el sistema CRISPR-cas con la presencia de bacteriófagos atemperados. Para esto se obtuvieron 402 genomas a partir del NCBI; la identificación de los profagos se hizo mediante el programa PHASTER y fueron categorizados basados en su estructura; la identificación de los factores de virulencia y resistencia a antibióticos se hizo una estrategia de búsqueda por homología en bases de datos, dos correspondientes para factores de virulencia y dos a genes asociados a resistencia a antibióticos; finalmente se analizó la presencia del sistema CRISPR-cas mediante Crisprdisco. Teniendo en cuenta la cantidad de genomas y el amplio número de especies de Streptococcus spp, se encontró gran variedad de profagos siendo la categoría incompleta más predominante. Se describió una correlación positiva débil en relación con los factores de virulencia y resistencia a antibióticos bacterianos en comparación de los profagicos, lo cual hace pensar que estos pueden estar influenciando otros procesos celulares diferentes. Según la clasificación taxonómica de los profagos completos se demostró que todos pertenecen al orden Caudoviridae y de estos el 99,7% a la familia Siphoviridae. Del sistema CRISPR cas se sugiere que aquellos genomas con la presencia de los sistemas I, II y III conjuntamente tienen una menor probabilidad de adquirir DNA extracelular de tipo profagico entre su genoma.