Estudio metagenómico de la diversidad Procariota y Eucariota de agua y sedimento marino de la isla Livingston, Antártida (2019)
La Antártida el lugar más frío del planeta, ha sido catalogada por mucho tiempo como poco portador de microorganismos. Por sus características geológicas y por disputas territoriales el lugar había sido poco estudiado. Con la firma del Tratado Antártico en el año 1959 la Antártida se ha visitado y aprovechado únicamente con fines científicos. La “Expedición Almirante Padilla”, es la tercera expedición organizada por Colombia desde que se unió al tratado Antártico. Durante esta expedición en la isla Livingston, se recogieron las muestras de agua y sediento marino, que se estudiaron es este proyecto a través de técnicas de metagenómica. Se realizó extracción de ADN a las dos muestras por el kit comercial de extracción ZymoBIOMICS™ DNA Miniprep, el cual fue analizado por la plataforma de secuenciación de próxima generación Illumina Mi Seq, a partir de las regiones 16S y 18S del rRNA de procariotas y eucariotas, respectivamente. Los datos se analizaron por los programas bioinformáticos DADA2 y QIIME, las secuencias obtenidas se compararon en el genebank por el algoritmo BLASTN. En análisis se obtuvieron 244390 secuencias crudas, de las cuales se clasificaron como OTU (Unidades Taxonómicas Operacionales) solo 405 secuencias. El 41% de estas se calificaron taxonómicamente desde phylum, clase, orden, familia, género y especie, tanto para procariotas como eucariotas, y el 59% restante correspondieron a secuencias no identificadas. Los filos Proteobacteria, Actinobacteria, Firmicutes fueron predominantes en procariotas y los filos SAR y Opisthokonta en el caso de los eucariotas.