Modelo tridimensional de las proteínas Nfcpb y Nfcpb-l de Naegleria Fowleri (2019)
La meningoencefalitis amebiana primaria (PAM) es una enfermedad de amplia distribución a nivel mundial, con un porcentaje mayor de casos en climas tropicales. PAM es causada por una ameba de vida libre del genero Naegleria, de la cual han descrito 47 especies1, dos de estas especies son agentes causales de enfermedades en animales experimentales; mientras que solo una especie, Naegleria fowleri, es patógeno en los humanos. No existe un mecanismo de control para Naegleria fowleri, ya que se considera como una enfermedad poco frecuente. El análisis de proteínas actualmente se ha convertido en un principio fundamental para el estudio de posibles blancos terapéuticos que permitan la realización de vacunas que tengan un amplio rango de inmunización, y el conocimiento de las funciones de las proteínas. En el caso de Naegleria fowleri se han identificado factores de patogenicidad como las proteínas Catepsina B (NfCPB) y Catepsina B-L (NfCPB-L), primordiales en actividades proteolíticas sobre las Inmunoglobulinas, fibronectina, hemoglobina y albúmina, reconocimiento y anclaje celular.13 El objetivo de esta investigación fue proponer mediante el análisis bioinformático la estructura tridimensional de las proteínas NfCPB y NfCPB-L de Naegleria fowleri logrando así inferir las regiones funcionales asociadas importantes para su antigenicidad e inmunogenicidad. Para el análisis de la estructura primaria se determinaron las propiedades fisicoquímicas, el índice de hidrofobicidad y las regiones transmembranales. Para la estructura secundaria, se realizó un consenso 14 con seis algoritmos disponibles en el servidor NSP@. La aproximación de la estructura terciaria de la proteína se realizó por el programa I-TASSER y el modelamiento tridimensional se visualizó a través del servidor Swiss-Pdb Viewer 4.1.0, la validación del modelo se llevó a cabo por la gráfica de Ramachandran basándose en la distribución de ángulos de los aminoácidos que componen el modelo obtenido. Como resultado final de la investigación se obtuvieron dos modelos 3D consistentes, y una aproximación a la función de las proteínas NfCPB y NfCPB-L.