Complejidad y construcción de una red de genes asociados a preeclampsia (2014)
La Preeclampsia es un desorden multisistémico estudiado ampliamente por ser la principal causa de mortalidad materna tanto en Colombia como en el mundo. Investigaciones previas han mostrado la asociación de ciertos genes con esta enfermedad, e incluso se han encontrado patrones de metilación diferencial en algunos de estos y en secuencias repetidas que los rodean. El propósito de este estudio fue cuantificar la interacción de genes asociados a partir de datos de experimentos de micromatrices de ADN en placentas preeclámpticas. Procedimientos básicos: Usando el programa Cytoscape 3.1, se construyó una red de expresión génica, utilizando valores de z score obtenidos de una micromatriz de expresión de genes depositada en la base de datos “Gene Expression Omnibus”. Además, se caracterizó la cromatina asociada a estos genes, realizando un paseo cromosómico en ventanas de 100Kpb alrededor de cada gen, empleando recursos del Genome Browser y de la base de datos National Center of Biotechnology Information. Principales hallazgos: Se encontró una predominancia de las secuencias Alu, MIR, SINE y LINE, sin embargo no se encontraron diferencias significativas al comparar las regiones upstream y downstream asociadas a cada gen. La red mostró a los genes EBI3, ENG, PVRL4, TGFB1, INHBA, FSTL3, HTRA1 y KRT19, como expresados altamente en placenta preeclámpsica. Principales conclusiones: Las categorías ontológicas de la red corroboraron la asociación de estos genes con la Preeclampsia. Se puede inferir que la expresión diferencial de genes expresados en placenta preeclámpsica, se convierte en un criterio de discriminación diagnóstica de la patología