Validación de una técnica in-house para identificar el perfil genético del VHI-1 asociado a farmacorresistencia - Abella Barreto, Catleya (2019)
El alto costo de los ensayos comerciales y el riguroso proceso de conservación del plasma para genotipificar, dificulta la vigilancia asociada a determinar la circulación de variantes del VIH-1 resistentes a los antirretrovirales en Colombia. Se estandarizó una técnica in-house para genotipificar la región que codifica la transcriptasa inversa (RT) y Proteasa (PR) del VIH-1 en plasma y gotas de sangre seca (GSS), utilizando 32 muestras de pacientes naive de subtipos B y no B (CRF 02-AG y F) del VIH-1, 11 de pacientes con previa exposición a TAR y 12 muestras de GSS, fortificadas con algunos de los plasma naive previamente descritos. En la evaluación del desempeño de la técnica se obtuvo una precisión entre réplicas de nucleótidos intracorrida del 99,94% (IC 95% entre 99,88 y 100) y de aminoácidos del 99,85% (IC 95% entre 99,66 y 100) y la precisión intermedia o intercorrida del 99,93% (IC 99,87 a 100) y 99,83% (IC 99,64 a 100) entre las secuencias de nucleótidos y aminoácidos respectivamente. Una sensibilidad analítica de la amplificación en plasma de 742 copias/ml y 5936 copias/ml en GSS, con un comportamiento lineal en muestras con cargas virales entre 3,03 Log10 copias ARN/ml y 6,17 Log10 copias ARN/ml de plasma. El porcentaje de amplificación en la matriz de GSS conservada fue del 54,4% y a temperatura ambiente del 36,4%. La concordancia de las mutaciones asociadas a resistencia obtenidas tuvo un alto nivel de concordancia frente a las dos técnicas de referencia con un índice kappa de 0,96. Por anterior se concluye que la prueba de genotipificación en desafío implementada estandarizada es eficaz para el diagnóstico de resistencia del VIH-1 a los antirretrovirales.