Desarrollo de herramientas computacionales para la búsqueda de secuencias reguladoras de la transcripción en procariotas (2008)
En la presente investigación se elaboró un programa en lenguaje PERL, para la localización de secuencias de ADN que se unen a factores de transcripción que regulan la expresión génica en procariotas. Los conjuntos de genes fueron obtenidos a partir de su expresión en las mismas condiciones ambientales. El organismo modelo con el que se trabajó fue lactococcus lactis, del cual se dispone su genoma secuenciado en formato del banco de genes. El programa encontró mayor número de posibles secuencias reguladoras en la región flanqueadora 5´ de los genes. El número de posibles secuencias reguladoras también estuvo determinado por la cantidad de genes que conformaron cada conjunto El programa también localizó secuencias flanqueadoras de genes que podrían estar involucradas en su regulación, pero traduccionalmente. La comparación de los resultados con patrones obtenidos de manera experimental se hizo mediante matrices de pesos de posición de nucleótidos y se lograron aproximadamente 50porciento de secuencias reguladoras que coincidían con las reportadas en las bases de datos, lo que indica un buen nivel de predicción del programa si se tiene en cuenta que la mayoría de secuencias reguladoras para procariotas aún no han sido caracterizadas por métodos experimentales.