Caracterización de la microbiota eucariota en chigüiros (Hydrochoerus hydrochaeris) del departamento de Casanare, Colombia (2024)
La investigación de la microbiota en organismos silvestres se vuelve crucial, especialmente con la creciente interacción humana. El desarrollo de las actividades antropogénicas resalta la importancia de comprender la composición de microorganismos eucariotas en hospederos y ambientes, dado su potencial como agentes patógenos y su riesgo para la salud. Este estudio se enfoca en la caracterización de microorganismos eucariotas en chigüiros (Hydrochoerus hydrochaeris) de Casanare, Colombia, utilizando 18 muestras pareadas de hisopados anales y bucales de individuos de los municipios de Trinidad y Paz de Ariporo. Se secuencio un fragmento del gen ribosomal 18S rRNA que abarcaba las regiones hipervariables V4 hasta un fragmento de V7. Utilizando la herramienta de asignación taxonómica Kraken2, se identificó la presencia de microorganismos como Lomentospora prolificans, Trypanosoma cruzi, Coccidioides posadasii, Eimeria necatrix, Fonsecaea pedrosoi, Fusarium oxysporum, Neurospora crassa, Penicillium rubens, Phytophthora palmivora, Sarcocystis neurona, entre otros. Se identificó una baja diversidad de especies con una alta dominancia de pocas unidades taxonómicas. La presencia de estos microorganismos en las muestras analizadas se atribuye a la interacción del chigüiro con agentes portadores externos y al entorno ambiental en el que estos animales habitan. Este enfoque taxonómico proporciona una comprensión profunda de las comunidades de eucariotas asociadas con los chigüiros (Hydrochoerus hydrochaeris) en la región, destacando organismos de alta relevancia para la salud animal y humana. Los hallazgos confirman el papel de estos roedores como posibles transmisores de organismos patógenos con potencial zoonótico y contribuye a la ecoepidemiología de organismos silvestres, especialmente de los chigüiros (H. hydrochaeris).