High prevalence of Enterovirus E, Bovine Kobuvirus, and Astrovirus revealed by viral metagenomics in fecal samples from cattle in Central Colombia (2024)
La ganadería desempeña un papel crucial para garantizar la seguridad alimentaria e impulsar la economía mundial. Sin embargo, las infecciones virales pueden tener consecuencias de gran alcance más allá de la productividad económica, afectando la salud del ganado y planteando riesgos para la salud humana y de otros animales. Identificar los virus presentes en muestras fecales, una ruta principal de transmisión de patógenos, es esencial para desarrollar estrategias efectivas de prevención, control y vigilancia. Los enfoques metagenómicos virales ofrecen una perspectiva más amplia y tienen un gran potencial para detectar virus previamente desconocidos o descubrir agentes no descritos previamente. La provincia de Ubaté es la capital lechera de Colombia y un centro clave para la producción ganadera del país. Por lo tanto, el propósito de este estudio fue caracterizar comunidades virales en muestras fecales de ganado bovino de esta región. Se recolectaron un total de 42 muestras de tres municipios de la provincia de Ubaté, ubicada en el centro de Colombia, utilizando un método de muestreo no probabilístico conveniente. Utilizamos secuenciación metagenómica con Oxford Nanopore Technologies (ONT), combinada con análisis de diversidad y filogenético. Los hallazgos revelaron una composición viral consistente y estable en todos los municipios, compuesta principalmente por miembros de la familia Picornaviridae. A nivel de especies, los virus más frecuentes fueron el Enterovirus E (EVE) y el Astrovirus Bovino (BoAstV). Es significativo que este estudio reportó, por primera vez en Colombia, la presencia de virus de importancia veterinaria con notable frecuencia: EVE (59%), Kobuvirus Bovino (BKV) (52%) y BoAstV (19%). Además, el estudio confirmó la existencia del virus monocatenario que codifica la replicasa circular (CRESS) en las heces de los animales. Estas secuencias se agruparon filogenéticamente con muestras obtenidas de Asia y América Latina, lo que subraya la importancia de tener una representación adecuada en todo el continente. El viroma de las heces bovinas en la provincia de Ubaté se caracteriza por el predominio de virus potencialmente patógenos como BoAstV y EVE que han sido reportados con frecuencia y cantidades sustanciales. Varios de estos virus fueron identificados por primera vez en Colombia. Este estudio muestra la utilidad del uso de técnicas de secuenciación metagenómica en la vigilancia epidemiológica. También allana el camino para futuras investigaciones sobre la influencia de estos agentes en la salud bovina y su frecuencia en todo el país.