Identificación de Genes Involucrados en la Susceptibilidad para Desarrollar Labio con/sin Paladar Fisurado (CL/P) no sindrómico. (2011)
Desde hace 15 años nuestro laboratorio ha colectado muestras de DNA de ~500 familias con al menos un individuo afectado de CL/P, una de las malformación congénita mas prevalentes en recién nacidos (1/400-1/2000 según el origen étnico) y causa de enormes secuelas en la vida del individuo. En colaboración con los laboratorios de J.Murray, A.Lidral y M.Marazita (Univs. Iowa y Pittsburg), descubrimos que mutaciones en IRF6 eran la causa del síndrome de Van der Woude, y que un polimorfismo funcional en este gen explicaba >10% de la variación fenotípica de CL/P, hallazgos publicados en Nature Genetics y New England J. Med. También, en colaboración con el CIDR-USA, un tamizaje genómico total mostró ligamiento de CL/P a los cromosomas 1, 6, 7, 9 y 15, y con un mapeo fino de ~1500 SNPs definimos regiones críticas mínimas en ellos. Recientemente se ha descubierto que un micro-reordenamiento en el gen SUMO causa CL/P; surge entonces la hipótesis de que microalteraciones estructurales pudieran ser la causa de CL/P. Este proyecto propone el uso de hibridización genómica comparativa mediante microarreglos (CGHm) y la determinación de variación en el número de copias (CNV) para eventualmente definir genes causales de CL/P en estas regiones. Los objetivos del proyecto son: (1) Utilizar microarreglos de Agilent Technologies para identificar y caracterizar cambios genómicos en regiones candidatas asociadas a CL/P (no-sindrómico) en los cromosomas 1, 6, 7, 9 y 15. Son regiones de tamaño promedio de 20 cM. (2) Emplear un conjunto de SNPs ofrecidos por deCODE (70.000) para determinar si en esas regiones preestablecidas ricas en CNVs, existen polimorfismos nuevos que pudiesen explicar la susceptibilidad a CL/P. (3) Realizar secuenciamiento genómico canónico para determinar el alcance funcional de la variación y el efecto sobre el gen/genes involucrados. Las regiones mínimas críticas se analizarán mediante un protocolo "customized" de CGHm (Agilent Technologies). Su selección se basa en análisis previos aun no publicados (Congreso Sociedad Americana de Genética Humana, NewOrleans,USA,2006). Están localizadas alrededor de los marcadores rs977589, rs4744516, rs7780209, rs1443434, rs10125474. Se proyecta obtener un nivel de resolución menor de 20kB con un pool de ~30.000 oligosondas de 60mer que hibridan a secuencias codificantes y no codificantes en esas regiones. Además, deCODE-Genetics genotipificará 7000 SNPs localizados en regiones ricas en variaciones genómicas en el número de copias (CNV). Con este enfoque molecular novedoso para CL/P esperamos encontrar una asociación más contundente de un gen mayor u oligogenes involucrados en la etiología del CL/P Consideramos que es un proyecto sólido que cuenta con resultados recientes de asociación genética y desequilibrio de ligamiento que muestran los mayores valores de significancia estadística hasta hoy reportados en el mundo, un material biológico único de DNAs y líneas celulares de pacientes/familias con CL/P, y una inversión previa que supera el millón de dólares. El proyecto formará un Doctor en Biología y estudiantes de pregrado. La información derivada de este proyecto es crucial para el esclarecimiento de la etiología genética de esta malformación común y para posteriores estudios funcionales, que combinados con los hallazgos genómicos, contribuirían al diagnóstico molecular y la prevención de CL/P.